@HD	VN:1.0	SO:coordinate
@SQ	SN:chr1	LN:249250621
@SQ	SN:chr10	LN:135534747
@SQ	SN:chr11	LN:135006516
@SQ	SN:chr12	LN:133851895
@SQ	SN:chr13	LN:115169878
@SQ	SN:chr14	LN:107349540
@SQ	SN:chr15	LN:102531392
@SQ	SN:chr16	LN:90354753
@SQ	SN:chr17	LN:81195210
@SQ	SN:chr18	LN:78077248
@SQ	SN:chr19	LN:59128983
@SQ	SN:chr2	LN:243199373
@SQ	SN:chr20	LN:63025520
@SQ	SN:chr21	LN:48129895
@SQ	SN:chr22	LN:51304566
@SQ	SN:chr3	LN:198022430
@SQ	SN:chr4	LN:191154276
@SQ	SN:chr5	LN:180915260
@SQ	SN:chr6	LN:171115067
@SQ	SN:chr7	LN:159138663
@SQ	SN:chr8	LN:146364022
@SQ	SN:chr9	LN:141213431
@SQ	SN:chrM	LN:16571
@SQ	SN:chrX	LN:155270560
@SQ	SN:chrY	LN:59373566
@PG	ID:TopHat	VN:2.0.8b	CL:/songlab/shared/tophat/tophat-2.0.8b.Linux_x86_64/tophat -o /songlab/aaron/research/fun_genom/lim/tophat_out/day20 -p 12 -G /songlab/aaron/research/fun_genom/data/Homo_sapiens/UCSC/hg19/Annotation/Genes/ucsc_and_broad.gtf --transcriptome-index=/songlab/aaron/research/fun_genom/data/Homo_sapiens/UCSC/hg19/Sequence/Bowtie2Index/ucsc_and_broad --library-type fr-firststrand --prefilter-multihits genome DLJL002_NoIndex_L002_R1_001.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R1_002.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R1_003.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R1_004.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R1_005.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R1_006.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R1_007.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R1_008.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R1_009.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R1_010.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R1_011.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R1_012.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R1_013.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R1_014.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R1_015.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R1_016.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R1_017.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R1_018.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R1_019.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R1_020.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R1_021.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R1_022.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R1_023.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R1_024.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R1_025.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R1_026.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R1_027.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R1_028.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R1_029.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R1_030.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R1_031.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R1_032.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R1_033.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R1_034.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R1_035.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R1_036.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R1_037.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R1_038.fastq.gz DLJL002_NoIndex_L002_R2_001.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R2_002.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R2_003.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R2_004.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R2_005.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R2_006.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R2_007.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R2_008.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R2_009.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R2_010.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R2_011.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R2_012.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R2_013.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R2_014.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R2_015.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R2_016.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R2_017.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R2_018.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R2_019.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R2_020.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R2_021.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R2_022.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R2_023.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R2_024.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R2_025.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R2_026.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R2_027.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R2_028.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R2_029.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R2_030.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R2_031.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R2_032.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R2_033.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R2_034.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R2_035.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R2_036.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R2_037.fastq.gz,DLJL002_NoIndex_L002_R2_038.fastq.gz