SEQanswers

SEQanswers (http://seqanswers.com/forums/index.php)
-   Bioinformatics (http://seqanswers.com/forums/forumdisplay.php?f=18)
-   -   Cufffdiff returns 0 conf_low fpkm and high conf_hi fpkm for EVERY gene (http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=50048)

fattest0828 02-03-2015 03:31 AM

Cufffdiff returns 0 conf_low fpkm and high conf_hi fpkm for EVERY gene
 
Hi all,

I am using tophat 2.0.13,cufflinks 2.2.1 to do tophat-cufflinks-cuffmerge-cuffdiff pipeline.

Here is the command I typed:

Code:

tophat -p 40 -G genes.gtf -o Testes_thout genome Testes_1.fq Testes_2.fq ;
tophat -p 40 -G genes.gtf -o Ovary_thout genome Ovary_1.fq Ovary_2.fq

cufflinks -p 40 -o Testes_clout Testes_thout/accepted_hits.bam
cufflinks -p 40 -o Ovary_clout Ovary_thout/accepted_hits.bam

cuffmerge -g genes.gtf -s genome.fa -p 40 assemblies.txt

cuffdiff -o diff_outTestesOvary -b genome.fa -p 40 -L Testes,Ovary -u merged_asm/merged.gtf ./Testes_thout/accepted_hits.bam ./Ovary_thout/accepted_hits.bam



Here are the first few lines from genes.fpkm_tracking in Ovary_clout:

Code:

tracking_id        class_code        nearest_ref_id        gene_id        gene_short_name        tss_id        locus        length        coverage        FPKM        FPKM_conf_lo        FPKM_conf_hi        FPKM_status
CUFF.2        -        -        CUFF.2        -        -        1:250485-252044        -        -        184.641        160.348        208.935        OK
CUFF.1        -        -        CUFF.1        -        -        1:179054-185161        -        -        7.27643        6.33654        8.21633        OK
CUFF.3        -        -        CUFF.3        -        -        1:185295-185655        -        -        8.2666        5.1426        11.3906        OK
CUFF.4        -        -        CUFF.4        -        -        1:373845-374208        -        -        2.84731        1.00884        4.68578        OK
CUFF.5        -        -        CUFF.5        -        -        1:372769-373658        -        -        1.61943        0.953847        2.28502        OK
CUFF.6        -        -        CUFF.6        -        -        1:374673-375367        -        -        1.59958        0.823667        2.37548        OK
CUFF.7        -        -        CUFF.7        -        -        1:241807-246436        -        -        26.1398        24.2019        28.0776        OK

It seems fine after cufflinks since all gene have a relatively normal conf_low fpkm and conf_hi fpkm.

However, after cuffdiff and cummeRbund ,when I plot the bar chart of my genes of interest, the error bar is so high that I have to check what is wrong.

Then I find the problem:

All genes in cuffdiff output file have a fpkm_conf_low of 0 and very high fpkm_conf_hi(about 2.5 fold of the fpkm, some are even higher).


Here are the first few lines from genes.fpkm_tracking in diff_outTestesOvary:

Code:

tracking_id        class_code        nearest_ref_id        gene_id        gene_short_name        tss_id        locus        length        coverage        Testes_FPKM        Testes_conf_lo        Testes_conf_hi        Testes_status        Ovary_FPKM        Ovary_conf_lo        Ovary_conf_hi        Ovary_status
XLOC_000001        -        -        XLOC_000001        ENSORLG00000000022        TSS1,TSS2        1:305571-308712        -        -        0.131856        0        0.503528        OK        0        0        0        OK
XLOC_000002        -        -        XLOC_000002        -        TSS3        1:369365-372285        -        -        5.3763        0        21.747        OK        49.8755        0        196.266        OK
XLOC_000003        -        -        XLOC_000003        -        TSS4        1:376708-384133        -        -        17.121        0        48.4596        OK        16.607        0        46.3991        OK
XLOC_000004        -        -        XLOC_000004        ENTPD7        TSS5,TSS6        1:384471-401100        -        -        5.3448        0        17.0895        OK        7.11206        0        19.6361        OK
XLOC_000005        -        -        XLOC_000005        -        TSS7        1:402148-407074        -        -        8.27844        0        23.0242        OK        21.7837        0        62.2343        OK

Do you know what happened?

Thanks.

Best,
Feng


All times are GMT -8. The time now is 10:10 PM.

Powered by vBulletin® Version 3.8.9
Copyright ©2000 - 2020, vBulletin Solutions, Inc.