SEQanswers

SEQanswers (http://seqanswers.com/forums/index.php)
-   Bioinformatics (http://seqanswers.com/forums/forumdisplay.php?f=18)
-   -   BBMAP paired-end alignment problem (http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=80947)

Mark 03-01-2018 06:45 PM

BBMAP paired-end alignment problem
 
Hi All

I'm having a problem with aligning Illumina PE reads with BBMap version 35.92.

Execution of

Code:

bbmap.sh overwrite=t ref=Z.fasta in=R1_001_val_1.100.fq in2=R2_001_val_2.100.fq minid=0.25 mappedonly=true out=out.sam  outu=unaligned_reads.fa maxindel=100000
yields out.sam which contains only alignments of read1 even though the log info seems to suggest read2 reads were also aligned

Code:

Pairing data:          pct reads      num reads      pct bases          num bases

mated pairs:            100.0000%            100      107.4763%              59558
bad pairs:                0.0000%              0        0.0000%                  0
insert size avg:          412.82


Read 1 data:            pct reads      num reads      pct bases          num bases

mapped:                100.0000%            100      100.0000%              29779
unambiguous:            100.0000%            100      100.0000%              29779
ambiguous:                0.0000%              0        0.0000%                  0
low-Q discards:          0.0000%              0        0.0000%                  0

perfect best site:        0.0000%              0        0.0000%                  0
semiperfect site:        35.0000%              35        35.1758%              10475
rescued:                  0.0000%              0

Match Rate:                  NA              NA        88.8176%              26449
Error Rate:              65.0000%              65        4.4763%              1333
Sub Rate:                65.0000%              65        0.3627%                108
Del Rate:                0.0000%              0        0.0000%                  0
Ins Rate:                49.0000%              49        4.1136%              1225
N Rate:                100.0000%            100        6.7061%              1997


Read 2 data:            pct reads      num reads      pct bases          num bases

mapped:                100.0000%            100      100.0000%              25636
unambiguous:            100.0000%            100      100.0000%              25636
ambiguous:                0.0000%              0        0.0000%                  0
low-Q discards:          0.0000%              0        0.0000%                  0

perfect best site:        0.0000%              0        0.0000%                  0
semiperfect site:        26.0000%              26        25.3745%              6505
rescued:                  2.0000%              2

Match Rate:                  NA              NA        86.8232%              22258
Error Rate:              74.0000%              74        4.9852%              1278
Sub Rate:                74.0000%              74        0.8894%                228
Del Rate:                0.0000%              0        0.0000%                  0
Ins Rate:                42.0000%              42        4.0958%              1050
N Rate:                100.0000%            100        8.1916%              2100

As a test I then tried

Code:

bbmap.sh overwrite=t ref=Z.fasta in=R2_001_val_2.100.fq minid=0.25 mappedonly=true out=out.sam  outu=unaligned_reads.fa maxindel=100000
Here read2 reads were aligned.

Any ideas what is wrong with the first command line for the paired-end reads?

Thanks

Mark

GenoMax 03-02-2018 09:30 AM

Cross-posted and answered on Biostars:https://www.biostars.org/p/301541/


All times are GMT -8. The time now is 04:21 PM.

Powered by vBulletin® Version 3.8.9
Copyright ©2000 - 2020, vBulletin Solutions, Inc.