GFA to fasta file

[Marcela Uliano]

Hey guys!

Can someone help me writing a awk line for extracting FASTA sequences from a GFA file? (I lack programming skills and will take a long time to do it!!)

I've done a miniasm assembly with some PacBio reads I got, the unitigs are great and I would like to do some mappings and further analysis with them in the fasta format.

Thanks a lot a lot!

[GenoMax]

Can you provide some additional information? Both the assembler and the format (Graphical Fragment Assembly format fro Heng Li?) you have mentioned are new for me.

[Marcela Uliano]

Yes! Its a very new tool!

Basically miniasm takes all-vs-all read self-mappings (typically by minimap) as input and outputs an assembly graph in the GFA format. (https://github.com/lh3/miniasm)

So, I past here for you a partial file, so you can see how the file looks like!

Thanks a lot!!

a	utg000017c	0	all.subreads._205152_1/1226_10261:18-9017	+	116
a	utg000017c	116	all.subreads._36376_1/83_9849:25-9707	+	922
S	utg000018c	GGAGTATTTTTCCCATTTATTGTCTTCTTCTATCTTTTATAGTTTTTGAGTTAATGATAACAAGATTGGAGAAATGGATTATATAATTAAACCGTCATGTATGATTAGCAATGTTTGCTCTGTCGTCACCAACATATAATATCAGGGACTAAAGTCCTTCTTTTATGCACACCTTTAAATGATGTAGAAGTCATATTTTAGGACGTTCCTGGCCATGGTTGTAATTAAGTAAGTTGCAGACGACTCGATTTCATTGAATTTGTTTGAATTTCTAGATTCATTTGACCTTTAAATAGATATGGAACACTAAGAATAGCATACATAGTAACGATATGCATGTACATTTGATAGAATATTTTAGAAAATATCAAGCATCAGACGAAACCTTTGGACCACATTTTCTTGATATTATGCTACTATGATTCTGAAATACCTGTGTACTTATTTTTGATGGGGAAAAAACAAAAATGAGTCTCAACAGCATTAAATATGTCAAATTTAATAATTACACAATAAGGAAAAGTGGGATACTTTTTAAAAAAAATCTCTTTTTTTTCAAGTAAGGCTACTATGTATGTCACAGTGTTACATATTTTTCATGAAAATCTTAGTTTAGTGTAAAATTTTTTAAGAACTTGCATTTCAATTGCTAATTATTTATTATTTCTGTATAAATGTGTAAGTTAACATTATTTCAATCATTTTTATGACTAGCACATTTGGTTTAATATATATTAATTATTAGTATTTTTTTGCGCGAGACAAGGATTATCAGGTCTATATCAGATGAGCTCGTAGAGCGAATCTGATATGGACCTGATAATCCTTGTCGAGCGAAAAAAAAAATACTAATAATTTTTTTATCGGTAATTTCTCAATTTAAATACAACTTTTTTTATTTGTTTTCGTTTTTTCACATATTTGAGGTTATTTTGCTTTGTAATAGTGCCGTTTTTACGGTAAGAATCTGTGCACTACTTCTTTTGTACAATTTTTATGCGTAATGCAGTCTGACATGACGTCACTCCTACCTCAATCATTCAAAAACTTCAAGCGATTATGCGGACGGAGCCGGAGGGAATTTCAAATGAATGGAGAGGAAATGTCAATCTGAAACCATTTACAGCGTTACGAAAAAGTTTATCTCAAATGCATACCCCAATCTAAGACAAAAAGTACTAATATCTTGATACAGGGATATAAATCTGCCATTAGGTAAGCATTTTATTATAAAATACATAAGAATTTTCATTCTTGTGCCTCAATATACTTGATTTAATACTCGATATAGAACAGATTGATAAAAATCAAATCTATGGTTCCGTGTATTAAACCAAGGCTCAAAACACTGATTCTGTTTAATATGCATGTCTATTACAGTATCTGTAATGGTTTACAAGTTACGAGTCAAGAACCACATTCTGTAATGATTCAAGGGCAATAACTGAAAATCGACTAATGGTACCTACTGCTTTTCCTTTCAAATATTTGTATATTTTTGAAAAGTCCAACATTTTTCCTATTTATTGTCTACTTTCAAACTTGTATAGTTTTTATATTATTTTATAAAAACAGTAAATGATAGAGAACATTTTGAAAATGGCAACCCATAATGATATGACTTTGGTCTTGAATTGAATGTCTTGACTTGTTTATCACAGTCATCCTATATGTTTTATATTATCTCTAACCGTTTTCGAGTTAAAAGCCAAAAACTGAATAACCAAACACATCAAGGCCAATAACTCGAAAACGGTTCATAAAACAGTCTGGACCTAATGATACTAAATGAAGGTCTTGATGAGAGGATCACTTTATGTATACTTGTTTACTATATTATCTCTAACCGTTTTCGAGTTAAAAGCCAAAAACCAAATAACCGAAACACATCAAGGCCAATAACTCGAAAACGGTTCATAGAACAGTCCTGGACCCAATTATACTAATGAAGGTCTTGATGAGAGGATCACTTTATGTATACTTGTTTACTATATTATCTCCGTTTTCGAGTTAAAAGCCAAAAACGAATAACCGAAACACATCAAGGCCAATAACTCGAAAACGGTTCATAGAACAGTCCTGGACCTAATTATACTAAATGAAGGTCTTGATGAGAGGATCACTTTATGTATTTGTTTACTATATTATCTCTAACCGTTTTCGAGTTAAAAGCCAAAAACCGAATAACCGAAACACATCAAGGCCAATAACTCGAAAACGGTTCATAGAACAGTCTCAGACCTTATACTAAATGAAGGTCTTAATGAGAGGATCACTTTATGTATATTTGTTTACTATATTATCTCTAACCGTTTTCGAGTTAAAAGCCAAAAACCGAATAACCGAAACACATCAAGGCCAATAACTCGAAAACGGTTCATAGAACAGTCTTGGACCCAATTATACTAAATGAAGGTCTTGATGAGAGGATCACTTTATGTATTTGTTTACTATATTATCTCTAACCGTTTTCGAGTTAAAAGCCAAAAACCGAATAACCAAAACACATCAAGGCCAATAACTCGAAAACGGTTCATAGAACAGTCTGGACCCAATTATACTAAATGAAGGTCTTGATGAGAGGATCACTTTATGTATACTTGTTTACTATATTATCTCTAACCGTTTTCGAGTTAAAAGCCAAAAACCGAATAACCGAAACACATCAAGGCCAATAACTCGAAAACGGTTCATAGAACAGTCTTGGACCCTTATACTAAATGAAGGTCTTGATGAGAGGATCACTTTATGTATACTTGTTTACTATATTATCTCTAACCGTTTTCGAGTTAAAAGCCAAAAACCGAAACCGAAACACATCAAGGCCAATAACTCGAAAACGGTTCATAGAACAGTCTTGGACCCAATTATACTAAATGAAGGTCTTCCCAGATACCTTTATGAACTTAATTTTTCTTCATCTCTTGTTGTGAACTTACTACATAAGTTACTGGCCATTTTGTAGGCGGAATAGACTATTTCTGTTGTCCTGAGTAAAAAAATATATGGTTGTCAAGGACTTTTGTGGCGTTGCTAAGGACAAAATGCAACTTCCGGTTGTAAAAATGACATATTTTAGTAAAGTACATCATCCTGATTTAAAAAATATATGGTTGCTAAGGACTTTTGTAATGGTGACCTGGTTGCTATGGTATGACCTTGACCTGTGACCTTTGAATTTGGGCTCAAATTGAAGGCCTTTACTTGGTGATCATGTTAAACCTATATGTTTACTATATTATCTGTAACGGTTTTTCAAGTAGTATGCCAAAAACTGATTTACCGAAATGAGTCAAGGGCCGAACTCGAAAACGGTTCATCGCACAGTTTCGGACCAAATGTATCAAATGAAGGCCATGATGAG	LN:i:6420
a	utg000018c	0	all.subreads_705750_1/3558_11624:26-8057	+	461
a	utg000018c	461	all.subreads_705751_1/1147_8941:33-7716	-	1299
a	utg000018c	1760	all.subreads_751504_1/482_7590:4-7105	-	357
a	utg000018c	2117	all.subreads_1388538_1/36_8268:19-8228	-	3825
a	utg000018c	5942	all.subreads_705749_1/1975_9802:1-7826	-	478
S	utg000019l	CGTGCAAATAGAAAAAAAGCGTGCATGTATTAATATCTGTGATTGTCAACTCGTAAGTGTCTTTGCATATGAAAGTTTGTTTATTGTAGTGTTTATACTTGATATTTATCCATTTATATATTTACGCTAATATTTAAAAACAAGCATCTTTTGAAGTAAGAGGAAATTAGTGTACGGCAGGTAAATTGCAAAAAAATTATATTTCTTGCTGTTTAGCATTGATTAGCAAAAACGCATAAACTACTTATAGGTGCTGTTTATTAATTTATGTATTGAATTATATAAAAATCGTTACTTCTCTTCCTACACTGTATTTTATGAAATATCATTAAAATTTTCAATTGACGTTATCTTTAGACTATAATCTTTTTCAAAAATGTATGATTTTTTCATTGCACTAAAGTGGGTGATATTCATTAATAAATTGCTCAAATAAAAATGGGAAAGCATTCACACTTAGATAAAGTCTTAAAATTACATAATAAGTGTCAATTTGCCCCCAAGTCCTACATTACCTAATATAATGTTTGATAAAGAAGAAAAAAACCTCTTGGGTATTATGTTATTTTAAGAATTACTTGCCAGATACAAATTACAAGAGCATGTATATATTTTATATTACAGTTTTCTTTGTCTTGCATGCAATATGGTGAATGAATTGATGATCATTTTGGTTTTACTTGTCTCCCCCTGTTAAAAGTTCTGCGGTACAATATTTCTCTGAAATCGTTAAAATGAGTATGTGTAGTTATTATTTTCTTGGCATATGTCATCTAAAACCATTATAGCCGAGCCATATCTAATAGTCCTTGAAGTAAATCTGGATTTCATTCAAATAATATTATCCAATTTACAAATAGATGTGCTTGAAGGAGATAATTTTCTTTGCCACCATACAATACTAGTACTAGTATCTTTAAGTGTTTAGTTGTTTCCTGATTATATTTACTAATAATAATGATAAAGTTTTTATTGTAAATTAAAAAAATAAATACAGTATTTTTTATTATATAATACCATTAATGTAATTATTTAGGAGTAATATTAATTTTCTATTCTAGTCCTATTGCCTTTTGACCACGTGACTGTGTACTGAAATCCAATCCTTACTGACCAGGATTGCCAGTTTCCTGCAGCAGGTAACAGTAAATTAAAATGAGATTGGGGTTCATTTCTCGCTGGTGGCAAGGTGCACTTCACCTTAATCTTAATTCAAAAGATTACCAGTTTTCTAACAAAGGTCTGGGGTTTTACCAGTTACTCCGGTTCCTCTGTAAATAAAAACGACACTATGCATATGATATATCTGAAAAATTGTTGGTAGTGGTGTTAAACAACATCAAACAGAACAAACTTGTTTTCAAACACATGTATCTGATGAGGGATAAATTACAAAAATATGAACTATGTACACACTTTTGAAAAGGGAGTTAATTTAGTATTGTGTGAAACATTGCTTTACTGGACTAATCTTTTTATTATACAGATTACATTGAAAAAAGTCATCATTTTTGTGTTTTAGATTGCTGTCATTGAACTACATTGTGATAAACTGAATAAACAGTAGCCATCTGGTAAGTTGAGTTAGAAGTAATGCAAAAAGTTAAATTTTGTATGCTTTATTTTATAAGATACTTTTTTTTTAATAGCATACAGTATAATGCTAAAATGTCCATGTGTTGTTTGTTTCATTTGTTAACTTCATGAATATTATATAACAACTTGAAATTAACTTATCATGAATTGTAGTTGAAGGGAGATAATTTTTTCACCACCATAAAATACTAGTACTAGAATCTTTGAAGTGTGTAGTTGTTTCTTGATTATAGTTGCTAATAATAATGATAAAGTTTGATTTATTAATTAAGAAAATGAAATACAGTATTTTATATTATATAATACCATCAAATTATATAATTATATAGAGAGTCTTATTTTCTATTATAGTCCTTCGCTATTTTTTAATGATGCGCGGCAGCATTAAAGTGCCACTTTCTTAACATGAGTACTTCAGTGTTGAAACTGACTCAGAAATTGAAGAACAATTAAATAATCCAACAACACAGACATGCATTTGTAAAGACTTAGAGTTTGGTGATACTATTTATTCACAGATTTTGTTCATATCACCAACTCCTTTATAGGATTAAAACACCGTTTTCAATGGATTTATCGGTATATCAACAAGACCAACTCACTCACAAACAAATAAAAGTCCGAAGGGACTTTTATTTGTTTGTGAGTGAGTTGGTCTTGTTGAAGGGACTTTTATTTGTTTGTGAGTGAGTTTGGTCTTGTTGATATACCGATAAATCCATTGAAAACGGTGTTTAATCCTTATAATTCTTTAAAATTGCATTAAGAAATTAATTTATCTAACGTGTTTCTCAACTTCATATTTCTTGTGTATTTGGTAGCGGGATTGACTGAACGTATGAATATTTTGTTTATTTTTAAACGTACGATTATTTTCATAAACCATTTTCTGATTTTTTATTTTTACATCAATCTGTAACCTTATTTTCTGTATCGAACACAAGGAAAGTTTTAAATTTAACAAATCATTAATGATAATTCATCAAACAAATAATTTGTAAGTTGATCGCTACTTTCAATATTGAAAGCCGCCATCTTTGTTTACATTGGTTACGCTAAAAATAGTTCTGTCAACTGTGTTATCCTAAAATAAATGGAGTTAACTTCATTTCAAAAAATATATTTCGTTAAAAACCTCAACCGGAAGTAATCTAGACCAATCAATATAAACATATTTCTAAATATGCAAATCATATTAGATAATCTATATATATTAGTTCTAATGACACTACAAAAAATAGGACATCAATCAAATGAGGAAACACTTATTTCAAACACATCTGAATCTAATTTTTACCAATCAGATTCAGATGTGTTTAATTTATCATTTTCCTCATCTGTTTACATTGAATCTACTGATGAAGATGATTGCAAGAGAATGATGATGACACTGAATGTACAGAATCAGTTAGTTTATGTGTCTAAACTCTGCAGTGATAAATTGGAATACAAATGTACTAAATATATCTTAAACTCCATATCAATAACAAAACTAATATCATAAGACTTGTACTAATAAACAGTTAACCACCTATTATTTTGCACCTTCCACTCAGAAAGGCTTCTGTCTCATTTAATACACTGAATACATCAGATTCATTTTATTTGCCTAAATTGCTATGTCGATAAACGAATGTATTAAAGGTAGGAATGATTTTATTTGTAAACTTTTCACATCACTGGCCAAATTGAAACCAAACTAACATTGTGTAGGCAAAACTAACCAAAAATGTCCATGTGCATAAGCATGATGATTATCCTACTGTTTACTGCATGAATGATTCCTTTTAGATATTGTGTTGTAAGTGATATATTTTCATTCAGATTTAACCAAATGGTGTACAGGAAAAACAAGGGAGGCAACTTTTACTGAATGCTCATTTGATTATTTTAGTTTTTAGCTCACCTGACCCGAAGGGTCAGGTGAGCTATTGCCATCACTTGGCGTCCGTGGTCGTCCGTCGTCGTCGTCATCGTCATCGTCGTCGTTAACTTTTCTTCAAAAATCTTCTCCTCCAAAACCACTGAAGGGATTGCTTTGAAATTTTGCATACATCATCAGTAAAATGCCCTCTACCAAGTTTGCCCAAATCAAGGCCTCAGATCAACCAACATGGCCGCCATGGCTAAAAATAGAACAGAGGGGTCAAAATACAGTTTTTGCTTATAGTTCAAAAAGTATAACAGATACAGGAAAACCGAAGAGACCTTCCTCTTTCACCATCTAAAGCTCTACAAAACACTCCATTGGGTCAAAGTTGTATGATGACTCCTTGTAGGAGTTATTGCCCTTTAATTGTCAAAATTGATGATTTTTGCCATTTTTGCTTCAAAATCTTGAAAATTATTAGAACTAGAGAAAAAGTTAGCATTGCTTAATTGTTCTGCTCTATAAGGGCTACAAAAATGAAGAAAAAAAAAAGGGTCAAGATTGTCTGATTAGCCGTTTAAGAGTTATTCCCCTTGAACTGTTTTTTTTTAATCAGTTTAATTGATATTTTAAAATCTTCTCCTCTGAAACAACTGAAAGTACTGCTTTGAAACTTTGTACTTATCATCTGTCAAATGTCCTCAACCAAGTTTGCACCAACCATGGCTGCAGATTAACCAACATGGCCACCATGGCTAAAAATAGGATGGGGGGGGCGGTAAAATACAGTTTTTGGCTTATATTTAAAGAAGTGTAACAGATACATGAAAACCGAAGAGACATGCCTTCATCTGCATCAAAAGCTCTACGAAACACTCCATTGGGTTGAAGTTGTATGATGACTCCTTATAGGAGTATTGCCCTTTAATTGTCGAAATAGATTTTTGACATTTTGCCTCAAAATCTTGAAAATTATTAGAACTAGAGAAAAAAGTTAGCATTGCTTAATTGTTCTGCTCTATGAGGGCTAAAAAAAATGACTTAATGGGTCAAGATTGACTGATAAACCGTTTAAGAATTATTCTCCTTGAACATTTTTTTAATCAATTTTACTTGATTTTTAAAAATCTTCTCCTCTTAAACCAATGAAAGGACTGCTTTGAAACATTGCACACATCATCTTTAGGATGTCCTCTACCAAAATTGTGCAAATCATGACACCTGACTACCTACATAGCTACGTTGGATTAAAATAGAAAAAATGAAAAGGGGGGGGGGGGTCAAGAGAGTTTTCGACTGATAGTTAAAAAAGTATAACAGGTACAGCAAATTTGAAGTGAACCTCCCTTCTTGCTCTAACCATCAAAAGATCCTCCTTATAGGAGTTATTTCCTTAAAAGGTCAAAATTAATGATTTTTGCAGAAGTTGGGCAATTCCTTATAGCAAAGAAAAGCTGGATAAAAAAGGGTTGTTGGTTTCAGGTTCAGGTGAGCGATACAGGCTCTTGGGAGCCTCTAGTTTAACACAGTTTTTCTGCTTTATCATGGCATTTGTTTATTTTTTTGGGTAGGGTTGGAAGGGAGAAGCCAGAGTGTCCAGTGAAAACACAGTAGCATTGGCAGGAAAAATGGCAATCGTTGCTATAAAAATTGTAGTCTACCAAACCCTGCTTTCAGTATGGCTCGTTTTCAAAAACCTCAGAATTGACTGGCATGTGATTAATAGTAGATGACTTATTCAGCCACTGAGGTCCACATCTTTTATTGCATTGTTAATCAGAGAAATTATTAGTAATCGTACATGTTTTTATACTTTTATAACAAGAACCAATCTAATTAAAATTAAATCTTTCACTTGCTCCCCCTTTCGTTATTGGTCGCTGTGTTATAACACGCAGCGACCATAGCAAAAAGGGGAGAGCAAGTGAAAGATTTACTTTTAATTAGATTGAACAATAACAAAATTTCCAGATATTTCTTTTTACAATGCCACATGTTAATTTAGTTTAGTTTTTTCTTTCAGATATAAAACAGGTACATAGTTCAAACATTTCTATCAAGTTCAGCCTTACAAGAATGAGGTAAATAAATGATGTAGAATTTTTTTTTCCAAGATTGGCAATGAAAAGAAAATTACAGGCCGTGGCAGATAATGCCTGCATTTTGCCTGAAAGACAATTCCAAATCTTCTAAATAATTAACTAATTAAGAAGATCTTCATTTAGAATTGGAGTTCAATGGCAGTAATGACAATAATACATGTACTGAAAATGACAAAATACTAAATTTTCGTTAAATGAAAAAGGCAAACCCCTATAATGAAAAACTGCAAAAACTGCATTATTTATTTTTGAGTAGGCGAAACATGTACTGAAAATGACAAAATTCTAAATTTTCGTTTAAATGAAAAGGCAAACCCTATAATGAAAAACTGCAAAAACTGCATTATTTATTTTTGAGTAGGCGAATAGGGTTGCAACATATTCAACCAATAATTAAGGGTTTTCTTTCACTGGTAGACTTTTGAAATTGACCAGTTGCCAAGCATAAGCACTGCATCAAAAATGTTTCATGAATTGGGAACTATTTCAAGACAACAGATTAAGATGAATTATCAAATGCAAAAAACATTACTATGCAGGGATTCAACTTCAAAAAAGGAAGTAACTTTTATGGAATTGAATACTCTACAGAAAATGGTAAAACTTTGACAACAGGTCTCAGAGAAGTGTCATATGGAAAATTGGAAACTTATGTCAGTTGTGTTCATGAATTTTTCCGACGCAGTCGGTATTATATTCACTTTTTACCCTTTTGACTCATGACACTTCACCTCTCGTAATTCTGTTTCTTGATTGGTTAAAAACCAATTGGACGGGGGTTCGGAACAGGGTGGTAAATTGGACAAGGGCTCGGAACAGGTGGTAATTCACCTTTCAAATTGTGTACTATTATTATTAGATTTTGCCGTCTGTTTGTTTATAAAATTATTTCATAGTGCAATTTAAGTAAAAAGAATGATAGAGATGAGCTGCAGTTTGTAAATTTTATTGACGGGGGTTCGAAACAGGGTGGTAAATTGGACAGGGGTCGGAACAGGGTGGTAATTCACCTTTCAAATTGTGTACTATTATTATTAGATTTTGCCGTCTGTTTGTTTATAAAATTATTTCATAGTGAAATTTAAGTAAAGAACGATAGAGATGAGCTGCAGTTTGTAAAATTTTATATCAAACAACTTGTACAAAAATGTTAATATTTTTTATTTGAAGTACAGCGCAAATTAAATGCATATAAACACGCTGGATTTTAGCGGGCTTTTATGGAGGTAAAAAGACGAAGAGAAGAAATTTTAATTAATTTCTAAATACAAATTAACAATCATTTTATATTCATGTTGATATTAAATCAAATGTATTATTGTTCTTGGGCGTCCGTCGTAGTACACACATAGATAGAGAGTTGTGGCTCTAATTGTAAAGTATACTTTGCTTATTCAGTAAATTTTAAGCTATAAACATTTATTAAAAAATTTCTAATATTCAATTTGTTTACATTATTGTATAACTGCTTTGGTGCTCGCAGAAAAATTCATTTCTATATCTTAGGCATTGGGTTTCAATACATAATAGCAATAAACTTTCTGGAATACATGTACATGTACAGCAAAGTAAATGTAGTTGTATGTACATTATCAATTTTAGGTTAACTGTATGCTTGGTAAATCTGTTAATATCGAAAACACGTAAATAAAAGGGTGCACACATGTATAAATGAATAATTTCAAACTTTTCACCTGGGACTAGTGTTAATTTATAGTTCATGATTTCATTCACGTAGTAATAATTGTCCGTCAGTACTCCCTTCCCCCCCAAAAAAAATCCATGAAACATTACTGGTCTATTGAAACGGGGAATTTGTATGACAATAAAGGCGATTCGTAATTCAATGCATAACTCAATTTATATCTTTACTGCGTCGGTTATCTTTTTTAAAGATAGTACTTGTTTAAAGATGCATCTGGTGATTCGTCAACTGCAAACATCTAATCAATAGAAAACTCCATTTTACATAAAAGGAATGACACTGAAACATGACTAGAGAACAAATGAGAGAATGGGCAAGGAAACATAATATCATCCTAATGAAGGTCTGGGGTTTTCTCCAGTTATTATTTAAGGTTTGTTCTCTCAATCATGATCATATCTGAAAAAATTGCTACAAGTGGCATTAAACAACATGGAACAGAATAAACTTGAAAATTTTTAACAAGTAAAGATTAACCTTTCATGAATCATAGTGATTTTTTACAAAATATTTATATAGAAATCAAACTTGTTTGGTAAGTATATATAATATTACGCATGTACTCAGTTGGGACTGTTAAAAATACCTTTTTTTTTAAGATTATGTTGAGAACAGCTTTTTGGGCATATTCGTTCTTTCAAACACCTGAATCTGATGAGGGATGTATTTAGTTGTATAATGCACAGCAGCATTAACCCATTCTCACCTTATGTATCATTTAGGCACCCTCATATATATACCAGATGTATCCTTAAGGCACCACCGTGTTTCTACCGAAAGTATCCTTAATAAGGATACCCGAGCATTGATTTTCAGCGCATTAAACTTCAAACATTTTCTTTTGCAACATTCAACAATTGCAATACATTTTTCCGACGCAGTCGGTATATTTTTCAAATTGTGACCTTTGAACTAAAAGATGCTTACCTATGGTAACATACTATAATTGAAGACAAACTTGCATTCTGATTGGATAAAAATAGTAAAAAATTTCTGTGTTCGAACAATCTACTATAGTATACTCTGAAAGTATCCCTATTTGCATTTCTAAATTATTATTCCTGCAGTCTGGTGTTTTTAAACAATTGGTGTCGTAATTAAACTTTAAAAAATGATTTTTATGCAAAGAATGCTATTTAGGACTGATAAACAATTTGTAATTTTTTTCGCATTTCTTGGTAGAATTATATTTGCTTTGGACCAACAACAACAATGTTTATTAGTACCAATCAAGGTGCCATTTTGAGCGAATCAAAATCACATTTTGCATCTTTCCTTAATGCACATTGGTGATACAAATATTTATTGTCATGTGATGAAGAATAACAATTTGTAATAAATGTTAAAGTTTTCCTGTCAGTTGTACAACACATGTTGATAGGAAGTACTTTTAAGTAGAATAAGTGGGAACTATTTTTAGAGCTTATTTCCAGTATTGAATACATTCATCAATTATAAATGTTAAAATAAACATTGTATCAATATTAAGTATCATTAATTTGCTTTGCTATTGTTCTTGCTAACTTCTTTCTGAATTAATGTTGTCTTGCTGCTTCTAATAAAAAAACAATTACAATAATATTATCATTTTATAGGTAAAATACTGGAGCGAAGGAGAAATGGATGAAGATTGCTTTGACGTCACCAACAAAAGACCTCATATCTGACTATAAAGAGGGCTCTCTGAAATTTAATTAAGGTAATTATGAGACAATTGATTTACTTTTCAAGAGATCAAATATATAAAAAATACCATATTAACAATATGAAATGTAAATATTCTTATTGTGGATACACAAAATAAACAAAATATTATGTTCATTTCATCAGGAAAAGTAGCATTAATACAGAATCTGCAATAAACCATGCTTGCCATTATTATTACTATTAATAAATCTGTTCCATTCCTGTACAATATTCGCTCATATTTTATTTAAGAAATAAACCAGTTTCAATATATGAAAAGACGGCTGTGTGCGGAAAGCCAACATTTTGAAAGATCAAAGAACATTGTAGGCTCTCATTAGTGAGGATTAAGGGTCCCCATACAGCTAGTGTAATTGATTAACTGTAAAGGTAAAATTTTGTAATATTGTACTAGTGGTAATGATTTACATGAGTTAGTATTTGTATATTTGTATTGTGAATTTAAAATTGTCTTCAATCAATAAATATTTAACAAAATTATAAATTTTAAAACAGATTTCAAGAAATATTTGTTATAAAAATACTTTAAATAATAAATAGATATATGTATATTTTGAAGAAAAGAGTCTTCTATTTTTGTTGAATATGACCATTGGGTAAGAACAGTCTGTAAAAGTTGTACTGGCAAGTTGGTGTCTACTAAGTCTTGTAGTGTAACCAGATGGCATCTTCTACTTGTTGGACTGGAACAATACAATCTGGTTGTAGTATGGTCCACTTGCCATTAAACTGGATGTCTGTAATGGTGTTGGGTAACTTGGATGTCTGCTTGCACCGGGCTCTGTACAATACTGATTTTGCAGAGTTGAATGTCATTATCTTCTCAAGAGGTTTTCTCAGGTACTCCGGCTTCCTACCCCAATAAAAACTGGATGCCATGATATAGCTGAAAAATTGCTGAAAATATCAAACAAACAAACAAAATCTTCTCAAGAACTTTTAACATTTTTAACAAAATTTAGTTTGATGCTTCAAAATATATGTTATTTATTTATTTTTTTTTTTTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATGTCGCCCTTTTCTGTATCAAATTTATTGTACCCATTTCATTTTTTCTGTTGCAATAACTGCACATTAGTATGATTATACCCATTTCAATTAGAAGAATAATCAACACCCTTGTTGTACCCCTTTTTAACCACTCAAACAAAAAGACTATAGATTTTAAGTGCAACTTAAGTTACTCCTTTATGAAATATTCTGTGTGATATTGACTAGAGTTGTCTTTCTTTAATCACTGGAGGTGATTGCACACACATTTTGAATTTAGCCCCAAATTTAGATTATTATGAACCAATTAAAAAAAGTTTTACAAAAATTTCATTGATGGACATACACAACTGTTTAAAATATTTCTATTGGATGAACTTCATGTTTAAAATTAGCGAAAAATCTATGTACTACTATGCATAGTCTCGATCATCCTGACGCTTTAATTGCATTTGTGCGTCATGATTCATCTCTATATATATTGAACTTGTTATCATTACCACCAACAATTGGCAAAAGTTTTTGATTGGATGGTATTTTTATTGTGTAAAAATTACTTCTATTCATATCACGAAATGTGTAAAAATTGTACCAAAGTTTATATTTGAATATTTTTATAAAATATTACTTTATCAATTATTTAAACAAATATTATTGTTATGCACAATCAAGAAGAATTTTACTGTAACGTCATTTTATAAGTCTAGACATGTTGTCATGGTTTTCATGGTCTAAAAATAGAATGATTGTTTTGTCTCTACCTATTGGTAGCGAAATTACAACAAGGTGATCCCAGACACAATTCTGTATGCGTCTGGGTGATCGAGACTACAATGGGAACATCTCTCGGCCATTTCCATCAAGGTAGGGATGTTCATGTTGGCACCCATAGCTGATCAGATCAGGAAGTAAATAACTATTGCAGTCCAGTAACATACATTTAGTGGTCATGTTATATTGTTTCATCTAAAATATAATATAATTAAAACTGCATCATAATTCAGTGTAGGTTAGTTTAAGGACTCAATTTAAAACACACAAAGACACATTGGGTGATAACTGTAATCTAAGTTTACATCCATTTCTTAACAGTCCAACTCTTAAGATTTTTGTACGTTACAAATTTGCAAGCTTTGATAATACATCAGCAATAAATTTGTAAAGAAAG	LN:i:17868

[Marcela Uliano]

Hi GenoMax, I got an answer already:

awk '/^S/{print ">"$2"\n"$3}' in.gfa | fold > out.fa

Thank you so so much!

[GenoMax]

That turned out to be simple. The line with the sequence is all one needs then.