Hi!
I have my doubts about the IGV displaying reads in sam-format correctly.
The reads in sam-format all have the same length (90) but appear like being of different lengths when I upload them in IGV. The same happend with the same file in BAM format.
I converted the SAM-file to a BED-file using Pyicos. Uploading this BED-file results into a correct display of the reads. See uploaded SAM-file (upper track) and uploaded BED-file (lower track) in attachment.
But when BED is displayed, I can obviously not see the actual sequences of the reads (to look for polymorphisms).
I am using the latest version of IGV: IGV_2.2.5
Did anyone see this issue as well and knows a way around it?
Below I give the SAM-file and the BED-file, as well as the command for the conversion.
Any help is highly appreciated!
Thanks!
Sonja
# here the command to convert sam to bed:
pyicos convert input.sam output.bed -f sam -F bed
# here the SAM-file
ERR045703.5732207 99 19 16149684 60 75M15S = 16150110 508 AACGGGCACCCAGTGAGCACTCGAGGATGACCCTCCTCGGGCAGCTGCCGCCCACCCAGTAGCGACTGTCCCCAAGTCAGCAGGGAGGGA B5@9FGGIFHHIIEFAFFHHKI@IKJIHG@EJJKIJKI?GGB>CGBHGJ@HEABAD?B@DCDC898?>GCGGBH################ X0:i:1 X1:i:0 XC:i:75 MD:Z:75 RG:Z:ERR045703 AM:i:37 NM:i:0 SM:i:37 MQ:i:60 XT:A:U BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
ERR045704.58587335 163 19 16149690 60 37M53S = 16150123 494 CACCCAGGGAGCACTCGAGGATGACCCTCCTCGGGCAGCTGCCGCCCACCCTGTAGCGACTGTCCCCAAGTGAGCAGGGAGGGAAGCGAG @EC3<B=',EF/GBFE:7E<C->*416@A@8B;+$@###################################################### X0:i:1 X1:i:0 XC:i:37 MD:Z:7T29 RG:Z:ERR045704 AM:i:37 NM:i:1 SM:i:37 MQ:i:60 XT:A:U BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
ERR045703.17024081 147 19 16149699 60 8S82M = 16149269 -511 ACCCAGTGAGCACTCGAGGATGACCCTCCTCGGGCAGCTGCCGCCCACCCAGTAGCGACTGTCCCCAAGTCAGCAGGGAGGGAAGAGAGC #########A=??=AFGD>?@37E=?9=:=4@@BBC=:=DA?CGADADGJKHJKJAFJJJFBGJGCGHEKIJIIGHHAHGGFGHDGCFC@ X0:i:1 X1:i:0 XC:i:82 MD:Z:82 RG:Z:ERR045703 AM:i:37 NM:i:0 SM:i:37 MQ:i:60 XT:A:U BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
ERR045704.7021863 147 19 16149705 60 7S83M = 16149294 -493 GACCACTCGAGGATGCCCCTCCTCGGGCAGCTGCCGCCCACCCAGTAGCGACTGTCCCCAAGTCAGCAGGGAGGGAAGAGAGCAGGTCAC ########EEHGE?
E?D<EFD>EEFDGEDFE?<BF?BFGIJKEIGG>IJJIGFHKHHFKHLJKJJIIIIJGIIJJHGGHGGDGCFEH@ X0:i:1 X1:i:0 XC:i:83 MD:Z:8A74 RG:Z:ERR045704 AM:i:37 NM:i:1 SM:i:37 MQ:i:60 XT:A:U BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
ERR045704.32772245 163 19 16149726 60 90M = 16150187 499 AGCTGCCGCCCACCCAGTAGCGACTGTCCCCAAGTCAGCAGGGAGGGAAGAGAGCAGGTCACGCTCTCCTAAGTCTGATCAAGCAGCCGT @EDFFFG?GEHIFGHIJHHIH@FFKJIHJJJJLIEFIKJKJKI?FHHJIFJEGEEGFCECHB=EEDFEFHFHHGFIH,:CGIHH>@EC<F X0:i:1 X1:i:0 MD:Z:90 RG:Z:ERR045704 AM:i:37 NM:i:0 SM:i:37 MQ:i:60 XT:A:U BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@A
ERR045704.57426661 163 19 16149741 60 90M = 16150165 492 AGTAGCGACTGTCCCCAAGTCAGCAGGGAGGGAAGAGAGCAGGTCACGCTCTCCTAAGTCTGATCAAGCAGCCGTGCAGAGATGTGCCTC @EFEFF>HFHHGHGHIJ@GGGIIJJKKJGIBB??CHEJFFJHG@@DC>HIEGIJFC@FDCGFFHEIBFFGFGG=BBAEDJHHGIH;C?HD X0:i:1 X1:i:0 MD:Z:90 RG:Z:ERR045704 AM:i:37 NM:i:0 SM:i:37 MQ:i:60 XT:A:U BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@BB
ERR045703.16563758 83 19 16149748 60 90M = 16149339 -498 ACTGTCCCCAAGTCAGCAGGGAGGGAAGAGAGCAGGTCACGCTCTCCTAAGTCTGATCAAGCAGCCGTGCAGAGATGTGCCTCTCACCTA EAGDDFGEHBIFIGHHGIGGEJDIEHIHIHIDHKJHHHHAKHJKJKKJKKELKJIHJJKKGJIJJAHHAJKIJIJIGIH@HIHGCCACB6 X0:i:1 X1:i:0 MD:Z:90 RG:Z:ERR045703 AM:i:37 NM:i:0 SM:i:37 MQ:i:60 XT:A:U BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
ERR045704.56912904 147 19 16149756 60 13S77M = 16149309 -523 TAGCGACCGTCCCCAAGTCAGCAGCGAGGGAAGAGAGCAGGTCACGCTCTCCTAAGTCTGATCAAGCAGCCGTGCAGAGATGTGCCTCTC ##############AIEEFI>>43)<H@8FA9-GA02BD:46?E7ED<.6,.>1.=ECC,97E4C8ECA2'2-'EG<9,,;BHG=?GGD; X0:i:1 X1:i:0 XC:i:77 MD:Z:11G65 RG:Z:ERR045704 AM:i:37 NM:i:1 SM:i:37 MQ:i:60 XT:A:U BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
ERR045704.58477016 147 19 16149772 60 37S53M = 16149322 -502 CCACCCCGCAGCGACGGTCCCCAAGTCAGCAGGGAGGGAAGAGAGCAGGTCACGCTCTCCTAAGTCTGATCAAGCGGCCGTGCAGAGATG ######################################?F@?4DD9@IDG=5';GEC=(7C4HB8GHCIF<(C=&%%$4*[email protected]/ X0:i:1 X1:i:0 XC:i:53 MD:Z:38A14 RG:Z:ERR045704 AM:i:37 NM:i:1 SM:i:37 MQ:i:60 XT:A:U BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
# here is the BED-file
19 16149684 16149773 ERR045703.5732207 0 +
19 16149690 16149779 ERR045704.58587335 0 +
19 16149699 16149788 ERR045703.17024081 0 -
19 16149705 16149794 ERR045704.7021863 0 -
19 16149726 16149815 ERR045704.32772245 0 +
19 16149741 16149830 ERR045704.57426661 0 +
19 16149748 16149837 ERR045703.16563758 0 -
19 16149756 16149845 ERR045704.56912904 0 -
19 16149772 16149861 ERR045704.58477016 0 -
I have my doubts about the IGV displaying reads in sam-format correctly.
The reads in sam-format all have the same length (90) but appear like being of different lengths when I upload them in IGV. The same happend with the same file in BAM format.
I converted the SAM-file to a BED-file using Pyicos. Uploading this BED-file results into a correct display of the reads. See uploaded SAM-file (upper track) and uploaded BED-file (lower track) in attachment.
But when BED is displayed, I can obviously not see the actual sequences of the reads (to look for polymorphisms).
I am using the latest version of IGV: IGV_2.2.5
Did anyone see this issue as well and knows a way around it?
Below I give the SAM-file and the BED-file, as well as the command for the conversion.
Any help is highly appreciated!
Thanks!
Sonja
# here the command to convert sam to bed:
pyicos convert input.sam output.bed -f sam -F bed
# here the SAM-file
ERR045703.5732207 99 19 16149684 60 75M15S = 16150110 508 AACGGGCACCCAGTGAGCACTCGAGGATGACCCTCCTCGGGCAGCTGCCGCCCACCCAGTAGCGACTGTCCCCAAGTCAGCAGGGAGGGA B5@9FGGIFHHIIEFAFFHHKI@IKJIHG@EJJKIJKI?GGB>CGBHGJ@HEABAD?B@DCDC898?>GCGGBH################ X0:i:1 X1:i:0 XC:i:75 MD:Z:75 RG:Z:ERR045703 AM:i:37 NM:i:0 SM:i:37 MQ:i:60 XT:A:U BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
ERR045704.58587335 163 19 16149690 60 37M53S = 16150123 494 CACCCAGGGAGCACTCGAGGATGACCCTCCTCGGGCAGCTGCCGCCCACCCTGTAGCGACTGTCCCCAAGTGAGCAGGGAGGGAAGCGAG @EC3<B=',EF/GBFE:7E<C->*416@A@8B;+$@###################################################### X0:i:1 X1:i:0 XC:i:37 MD:Z:7T29 RG:Z:ERR045704 AM:i:37 NM:i:1 SM:i:37 MQ:i:60 XT:A:U BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
ERR045703.17024081 147 19 16149699 60 8S82M = 16149269 -511 ACCCAGTGAGCACTCGAGGATGACCCTCCTCGGGCAGCTGCCGCCCACCCAGTAGCGACTGTCCCCAAGTCAGCAGGGAGGGAAGAGAGC #########A=??=AFGD>?@37E=?9=:=4@@BBC=:=DA?CGADADGJKHJKJAFJJJFBGJGCGHEKIJIIGHHAHGGFGHDGCFC@ X0:i:1 X1:i:0 XC:i:82 MD:Z:82 RG:Z:ERR045703 AM:i:37 NM:i:0 SM:i:37 MQ:i:60 XT:A:U BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
ERR045704.7021863 147 19 16149705 60 7S83M = 16149294 -493 GACCACTCGAGGATGCCCCTCCTCGGGCAGCTGCCGCCCACCCAGTAGCGACTGTCCCCAAGTCAGCAGGGAGGGAAGAGAGCAGGTCAC ########EEHGE?
E?D<EFD>EEFDGEDFE?<BF?BFGIJKEIGG>IJJIGFHKHHFKHLJKJJIIIIJGIIJJHGGHGGDGCFEH@ X0:i:1 X1:i:0 XC:i:83 MD:Z:8A74 RG:Z:ERR045704 AM:i:37 NM:i:1 SM:i:37 MQ:i:60 XT:A:U BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@ERR045704.32772245 163 19 16149726 60 90M = 16150187 499 AGCTGCCGCCCACCCAGTAGCGACTGTCCCCAAGTCAGCAGGGAGGGAAGAGAGCAGGTCACGCTCTCCTAAGTCTGATCAAGCAGCCGT @EDFFFG?GEHIFGHIJHHIH@FFKJIHJJJJLIEFIKJKJKI?FHHJIFJEGEEGFCECHB=EEDFEFHFHHGFIH,:CGIHH>@EC<F X0:i:1 X1:i:0 MD:Z:90 RG:Z:ERR045704 AM:i:37 NM:i:0 SM:i:37 MQ:i:60 XT:A:U BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@A
ERR045704.57426661 163 19 16149741 60 90M = 16150165 492 AGTAGCGACTGTCCCCAAGTCAGCAGGGAGGGAAGAGAGCAGGTCACGCTCTCCTAAGTCTGATCAAGCAGCCGTGCAGAGATGTGCCTC @EFEFF>HFHHGHGHIJ@GGGIIJJKKJGIBB??CHEJFFJHG@@DC>HIEGIJFC@FDCGFFHEIBFFGFGG=BBAEDJHHGIH;C?HD X0:i:1 X1:i:0 MD:Z:90 RG:Z:ERR045704 AM:i:37 NM:i:0 SM:i:37 MQ:i:60 XT:A:U BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@BB
ERR045703.16563758 83 19 16149748 60 90M = 16149339 -498 ACTGTCCCCAAGTCAGCAGGGAGGGAAGAGAGCAGGTCACGCTCTCCTAAGTCTGATCAAGCAGCCGTGCAGAGATGTGCCTCTCACCTA EAGDDFGEHBIFIGHHGIGGEJDIEHIHIHIDHKJHHHHAKHJKJKKJKKELKJIHJJKKGJIJJAHHAJKIJIJIGIH@HIHGCCACB6 X0:i:1 X1:i:0 MD:Z:90 RG:Z:ERR045703 AM:i:37 NM:i:0 SM:i:37 MQ:i:60 XT:A:U BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
ERR045704.56912904 147 19 16149756 60 13S77M = 16149309 -523 TAGCGACCGTCCCCAAGTCAGCAGCGAGGGAAGAGAGCAGGTCACGCTCTCCTAAGTCTGATCAAGCAGCCGTGCAGAGATGTGCCTCTC ##############AIEEFI>>43)<H@8FA9-GA02BD:46?E7ED<.6,.>1.=ECC,97E4C8ECA2'2-'EG<9,,;BHG=?GGD; X0:i:1 X1:i:0 XC:i:77 MD:Z:11G65 RG:Z:ERR045704 AM:i:37 NM:i:1 SM:i:37 MQ:i:60 XT:A:U BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
ERR045704.58477016 147 19 16149772 60 37S53M = 16149322 -502 CCACCCCGCAGCGACGGTCCCCAAGTCAGCAGGGAGGGAAGAGAGCAGGTCACGCTCTCCTAAGTCTGATCAAGCGGCCGTGCAGAGATG ######################################?F@?4DD9@IDG=5';GEC=(7C4HB8GHCIF<(C=&%%$4*[email protected]/ X0:i:1 X1:i:0 XC:i:53 MD:Z:38A14 RG:Z:ERR045704 AM:i:37 NM:i:1 SM:i:37 MQ:i:60 XT:A:U BQ:Z:@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@@
# here is the BED-file
19 16149684 16149773 ERR045703.5732207 0 +
19 16149690 16149779 ERR045704.58587335 0 +
19 16149699 16149788 ERR045703.17024081 0 -
19 16149705 16149794 ERR045704.7021863 0 -
19 16149726 16149815 ERR045704.32772245 0 +
19 16149741 16149830 ERR045704.57426661 0 +
19 16149748 16149837 ERR045703.16563758 0 -
19 16149756 16149845 ERR045704.56912904 0 -
19 16149772 16149861 ERR045704.58477016 0 -
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