View Single Post
Old 01-16-2011, 10:07 PM   #1
av_d
Member
 
Location: Pune, India

Join Date: Sep 2009
Posts: 12
Default Why MAQ consensus seq better than SAMtools consensus ??

Hi,
I was trying to assemble whole genome illumina 36 bp reads using MAQ and generate consensus fastq seq. I've also used SAMtool to call SNP/indel and generate consensus seq from .map output of MAQ. But the quality of the consensus seq from MAQ is far better than that from SAMtool. What is wrong with SAMtools?

Following SAMtool cmd used:

maq2sam-long final.map > final.sam
samtools view -bSt ref.fa.fai -o final.bam final.sam
samtools sort final.bam final.sorted
samtools index final.sorted.bam
samtools pileup -vcf ref.fa final.sorted.bam > final.sorted.bam.cns
samtools.pl pileup2fq -D 100 final.sorted.bam.cns > final.sorted.bam.fq


First 20 lines from MAQ consensus fastq:
@I
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagcCTAAGCCTAA
GCCTAAGCCTAAAAAATTGAGATAAGAAAACATTTTACTTtttcannnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnngccaacctatatgctcctgtgtttaggcctaATACTAAGCCTAAGCctaa
gcctaatactaagcctannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcctaagactaagcctaa
gcctaatactaagcctaagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnactaagcctaagcctaagactaAgccTaa
gCCtaaAagaATATGGTAGCTACAGAAACggtagtacactcttctgaaagnnnnnnnnnn
ttgcaatttttaTAGCTAGGGCACTTTTTGTCTGCCCAWATATAGGCAACCAAaaataat
tgccaagtttttaatgatttgttgcatattgannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnntatcgtagctacagaAACGGTTGtgcActcATCTGAAAGTTTGTTTTTCTTgttttc
ttgcACTttgtgcagaATTCTTGATTCTTGATTCTTGCAGAAATTTGCAAGAaaattcgc


First 20 lines from SAMtools consensus fastq:

@I
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnWnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn
nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn

Last edited by av_d; 01-18-2011 at 08:49 PM.
av_d is offline   Reply With Quote