View Single Post
Old 08-10-2013, 06:39 AM   #1
xxatbio
Junior Member
 
Location: eu

Join Date: May 2013
Posts: 4
Smile Given BAM/SAM file, where to find its read length information?

Given BAM/SAM file(for example the BAM file I posted below), where to find its read length information?
Thank you!!

a BAM file by samtool view

SL-XAN_2_FC30BV1AAXX:1:47:1108:971 161 chrM 2 37 51M = 416 0 ATCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTT 77777777777777777777777777777766644122122222222.222 XT:A:U NM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:51
SL-XAN_2_FC30BV1AAXX:1:17:1367:1052 97 chrM 3 37 51M = 411 0 TCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTT 77777777777777777777777777777774+44-222222/2222222" XT:A:U NM:i:1 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:50G0
SL-XAN_2_FC30BV1AAXX:1:48:1493:1675 161 chrM 3 37 51M = 396 0 TCACAGGGCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCGCTCCATGCATTTG 66,66666666666666666(66666666$66'6+,2'22!)'2,22,222 XT:A:U NM:i:2 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:2 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:7T29T13
SL-XAN_2_FC30BV1AAXX:1:2:1699:495 1121 chrM 3 37 51M = 411 0 TCACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTT 7753577770757777777777777-777-71+1'/22221/%2/2*222" XT:A:U NM:i:1 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:50G0
SL-XAN_2_FC30BV1AAXX:1:94:521:1276 97 chrM 4 37 51M = 326 0 CACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGG 77777777777777777777777777777707777222222/2/2*222/% XT:A:U NM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:51
SL-XAN_2_FC30BV1AAXX:1:38:989:254 97 chrM 4 37 51M = 416 0 CACAGGGCTATCACCCTCTTAACCACTCACGGGAGCTCTCCGTGCATTTGC 777707(77.777777((77(.77-3.777-/+17,#2222%21*-1*2(% XT:A:U NM:i:4 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:4 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:6T10A23A8G0
SL-XAN_2_FC30BV1AAXX:1:13:1440:514 1121 chrM 4 37 51M = 108 0 CACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGT 777777777777777777777777777777777%72222221222-222-% XT:A:U NM:i:1 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:1 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:50G0
SL-XAN_2_FC30BV1AAXX:1:4:428:1682 1121 chrM 4 37 51M = 327 0 CACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGG 77777777777777777777777777777747477222222-2)2%222%% XT:A:U NM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:51
SL-XAN_2_FC30BV1AAXX:1:55:771:1939 1121 chrM 4 37 51M = 327 0 CACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGG 777777.777777777777777777777777+3-12221-2-2/1*222%+ XT:A:U NM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:51
SL-XAN_2_FC30BV1AAXX:1:53:1454:1186 97 chrM 4 37 51M = 108 0 CACAGGTCTATCACCCTATTAACCACTCACGGGAGCTCTCCATGCATTTGG 77777777777777777777777777777777477222222%212-2221% XT:A:U NM:i:0 X0:i:1 X1:i:0 XM:i:0 XO:i:0 XG:i:0 MD:Z:51

Last edited by xxatbio; 08-10-2013 at 07:38 AM.
xxatbio is offline   Reply With Quote