Hi all!
I am having a problem installing cufflinks on a HPC cluster.
Here is what happens before the error comes up when doing make
here is the command line before doing make:
and the resulting output
Boost is properly installed as it could be detected and works properly for tophat. I've also tried to use a different boost version 1.47 but the outcome was the same.
I've added the
to the head of my bundles.cpp file in src but now I get the following error
Can anyone help?
Best!
I am having a problem installing cufflinks on a HPC cluster.
Here is what happens before the error comes up when doing make
Code:
bundles.cpp:680:23: Warnung: Ganzzahlkonstante ist so gross, dass sie vorzeichenlos ist bundles.cpp:680: Warnung: diese Dezimalkonstante ist nur in ISO-C90 vorzeichenlos bundles.cpp:680: Fehler: Ganzzahlkonstante ist zu gross f?r >>long<<-Typ progressbar.h: In constructor >>ProgressBar::ProgressBar(std::string, double)<<: progressbar.h:28: Warnung: Umwandlung in >>int<< von >>double<< progressbar.h: In member function >>void ProgressBar::update(const char*, double)<<: progressbar.h:61: Warnung: Umwandlung in >>int<< von >>long double<< progressbar.h: In member function >>void ProgressBar::remaining(int)<<: progressbar.h:81: Warnung: Umwandlung in >>int<< von >>long double<< bundles.cpp: In member function >>bool HitBundle::add_open_hit(boost::shared_ptr<const ReadGroupProperties>, const ReadHit*, bool)<<: bundles.cpp:296: Warnung: Vergleich zwischen vorzeichenbehafteten und vorzeichenlosen Ganzzahlausdr?cken bundles.cpp:305: Warnung: Vergleich zwischen vorzeichenbehafteten und vorzeichenlosen Ganzzahlausdr?cken bundles.cpp: In member function >>void HitBundle::finalize(bool)<<: bundles.cpp:563: Warnung: Umwandlung in >>size_t<< von >>float<< bundles.cpp: In member function >>bool BundleFactory::next_bundle_hit_driven(HitBundle&)<<: bundles.cpp:796: Warnung: Vergleich zwischen vorzeichenbehafteten und vorzeichenlosen Ganzzahlausdr?cken bundles.cpp: In member function >>bool BundleFactory::next_bundle_ref_driven(HitBundle&)<<: bundles.cpp:838: Warnung: Vergleich zwischen vorzeichenbehafteten und vorzeichenlosen Ganzzahlausdr?cken bundles.cpp:878: Warnung: Vergleich zwischen vorzeichenbehafteten und vorzeichenlosen Ganzzahlausdr?cken /scratch/martinsj/RNAseq/include/boost/system/error_code.hpp: At global scope: /scratch/martinsj/RNAseq/include/boost/system/error_code.hpp:222: Warnung: >>boost::system::posix_category<< definiert, aber nicht verwendet /scratch/martinsj/RNAseq/include/boost/system/error_code.hpp:223: Warnung: >>boost::system::errno_ecat<< definiert, aber nicht verwendet /scratch/martinsj/RNAseq/include/boost/system/error_code.hpp:224: Warnung: >>boost::system::native_ecat<< definiert, aber nicht verwendet make[2]: *** [bundles.o] Error 1 make[2]: Leaving directory `/scratch/martinsj/RNAseq/cufflinks-2.1.1/src' make[1]: *** [all-recursive] Error 1 make[1]: Leaving directory `/scratch/martinsj/RNAseq/cufflinks-2.1.1' make: *** [all] Error 2
Code:
./configure --prefix=$scr/martinsj/RNAseq --with-boost=$scr/martinsj/RNAseq --with-eigen=$scr/martinsj/RNAseq/include --with-bam=$scr/martinsj/RNAseq
Code:
checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c checking whether build environment is sane... yes checking for gawk... gawk checking whether make sets $(MAKE)... yes checking for gawk... (cached) gawk checking for g++... g++ checking for C++ compiler default output file name... a.out checking whether the C++ compiler works... yes checking whether we are cross compiling... no checking for suffix of executables... checking for suffix of object files... o checking whether we are using the GNU C++ compiler... yes checking whether g++ accepts -g... yes checking for style of include used by make... GNU checking dependency style of g++... gcc3 checking for gcc... gcc checking whether we are using the GNU C compiler... yes checking whether gcc accepts -g... yes checking for gcc option to accept ANSI C... none needed checking dependency style of gcc... gcc3 checking whether make sets $(MAKE)... (cached) yes checking for ranlib... ranlib checking for a BSD-compatible install... /usr/bin/install -c checking for a Python interpreter with version >= 2.4... python checking for python... /usr/bin/python checking for python version... 2.4 checking for python platform... linux2 checking for python script directory... ${prefix}/lib/python2.4/site-packages checking for python extension module directory... ${exec_prefix}/lib/python2.4/site-packages checking for boostlib >= 1.47.0... yes checking for bamlib... yes checking build system type... i686-pc-linux-gnu checking whether the Boost::System library is available... yes checking for exit in -lboost_system... yes checking for exit in -lboost_system... (cached) yes checking whether the Boost::Thread library is available... yes checking for exit in -lboost_thread... yes checking for exit in -lboost_system... (cached) yes checking how to run the C preprocessor... gcc -E checking for egrep... grep -E checking for ANSI C header files... yes checking for sys/types.h... yes checking for sys/stat.h... yes checking for stdlib.h... yes checking for string.h... yes checking for memory.h... yes checking for strings.h... yes checking for inttypes.h... yes checking for stdint.h... yes checking for unistd.h... yes checking if zlib is wanted... yes checking for inflateEnd in -lz... yes checking zlib.h usability... yes checking zlib.h presence... yes checking for zlib.h... yes checking for inflateEnd in -lz... (cached) yes checking zlib in /usr... ok checking for eigenlib... checking for stdlib.h... (cached) yes checking for string.h... (cached) yes checking for unistd.h... (cached) yes checking for stdbool.h that conforms to C99... yes checking for _Bool... yes checking for inline... inline checking for pid_t... yes checking for size_t... yes checking for ptrdiff_t... yes checking host system type... i686-pc-linux-gnu checking for struct sysinfo.totalram... yes checking whether sysctl is declared... yes checking whether CTL_HW is declared... no checking whether HW_PHYSMEM is declared... no checking how to create a pax tar archive... gnutar checking dependency style of gcc... (cached) gcc3 checking dependency style of g++... (cached) gcc3 configure: creating ./config.status config.status: creating Makefile config.status: creating src/Makefile config.status: creating config.h config.status: executing depfiles commands -- cufflinks 2.1.1 Configuration Results -- C++ compiler: g++ -Wall -Wno-strict-aliasing -g -gdwarf-2 -Wunused -Wuninitialized -march=i686 -O3 -DNDEBUG -pthread -I/scratch/martinsj/RNAseq/include -I/scratch/martinsj/RNAseq/include -I/scratch/martinsj/RNAseq/include/include GCC version: gcc (GCC) 4.1.2 20080704 (Red Hat 4.1.2-54) Host System type: i686-pc-linux-gnu Install prefix: /scratch/martinsj/RNAseq Install eprefix: ${prefix} See config.h for further configuration information. Email <[email protected]> with questions and bug reports.
I've added the
Code:
#ifndef BOOST_SYSTEM_NO_DEPRECATED #define BOOST_SYSTEM_NO_DEPRECATED 1 #endif
Code:
bundles.cpp:684:23: Warnung: Ganzzahlkonstante ist so gross, dass sie vorzeichenlos ist bundles.cpp:684: Warnung: diese Dezimalkonstante ist nur in ISO-C90 vorzeichenlos bundles.cpp:684: Fehler: Ganzzahlkonstante ist zu gross f?r >>long<<-Typ progressbar.h: In constructor >>ProgressBar::ProgressBar(std::string, double)<<: progressbar.h:28: Warnung: Umwandlung in >>int<< von >>double<< progressbar.h: In member function >>void ProgressBar::update(const char*, double)<<: progressbar.h:61: Warnung: Umwandlung in >>int<< von >>long double<< progressbar.h: In member function >>void ProgressBar::remaining(int)<<: progressbar.h:81: Warnung: Umwandlung in >>int<< von >>long double<< bundles.cpp: In member function >>bool HitBundle::add_open_hit(boost::shared_ptr<const ReadGroupProperties>, const ReadHit*, bool)<<: bundles.cpp:300: Warnung: Vergleich zwischen vorzeichenbehafteten und vorzeichenlosen Ganzzahlausdr?cken bundles.cpp:309: Warnung: Vergleich zwischen vorzeichenbehafteten und vorzeichenlosen Ganzzahlausdr?cken bundles.cpp: In member function >>void HitBundle::finalize(bool)<<: bundles.cpp:567: Warnung: Umwandlung in >>size_t<< von >>float<< bundles.cpp: In member function >>bool BundleFactory::next_bundle_hit_driven(HitBundle&)<<: bundles.cpp:800: Warnung: Vergleich zwischen vorzeichenbehafteten und vorzeichenlosen Ganzzahlausdr?cken bundles.cpp: In member function >>bool BundleFactory::next_bundle_ref_driven(HitBundle&)<<: bundles.cpp:842: Warnung: Vergleich zwischen vorzeichenbehafteten und vorzeichenlosen Ganzzahlausdr?cken bundles.cpp:882: Warnung: Vergleich zwischen vorzeichenbehafteten und vorzeichenlosen Ganzzahlausdr?cken make[2]: *** [bundles.o] Error 1 make[2]: Leaving directory `/scratch/martinsj/RNAseq/cufflinks-2.1.1/src' make[1]: *** [all-recursive] Error 1 make[1]: Leaving directory `/scratch/martinsj/RNAseq/cufflinks-2.1.1' make: *** [all] Error 2
Best!
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