I've recently run Stampy for the first time using this:
./stampy.py -t 12 -g xentro3 -h xentro3 -o /ichec/work/nglif015b/stampy-1.0.21/out -M /ichec/work/nglif0/rawdata/batch1
/1.control_1.txt /ichec/work/nglif0/rawdata/batch1/1.control_2.txt
From this I get the output file specified 'out' and my run summary which contains:
stampy: Mapping...
stampy: # Nucleotides (all/1/2): 9581823944 4790911972 4790911972
stampy: # Variants: 811646897 406424420 405222477
stampy: # Fraction: 0.0847 0.0848 0.0846
stampy: # Paired-end insert size: 141.5 +/- 42.7 (29776104 pairs)
stampy: Done
The output file I get doesn't seem to be recognised as SAM (which I assumed was default) and I'm not sure what to do with it - any help would be hugely appreciated! Here is the head and tail of the file:
@SQ SN:GL172637 LN:7817814 AS:xentro3 SP:frog
@SQ SN:GL172638 LN:7803671 AS:xentro3 SP:frog
@SQ SN:GL172639 LN:7514772 AS:xentro3 SP:frog
@SQ SN:GL172640 LN:6577953 AS:xentro3 SP:frog
@SQ SN:GL172641 LN:6532643 AS:xentro3 SP:frog
@SQ SN:GL172642 LN:6423007 AS:xentro3 SP:frog
@SQ SN:GL172643 LN:5836443 AS:xentro3 SP:frog
HWI-ST169:272:C0RCGACXX:7:2308:18249:200865 77 * 0 0 * * 0 0 CAGGGCCGTTGGATTTGTGTTGTCGTTTTTGGTTTTCTGTCTCTTTGGGTTCTTCGTTGTGTGGCTGTGCGTAGTCTGGTGGGCTATTAGTGCTGTCTTTC ??1=??BDDDDDBEIIIE2+2::*1?)11??@BDDDD0*09BCDBD/.'-;(.)=(.=??D@@######################################
HWI-ST169:272:C0RCGACXX:7:2308:18249:200865 141 * 0 0 * * 0 0 GGCCGTGGCCGGCATATTATCGGGTTTTTTTGACGGCCCAGTCCTACGCACCGCCTGCCCCTGCCCCTCTCAACTGGACAACTGGACTGTTTGTGTTGGCG =?+A=0@D)2<CDEEGI*:EF9DG#############################################################################
HWI-ST169:272:C0RCGACXX:7:2308:18122:200875 77 * 0 0 * * 0 0 CTCTCTTTCAATGTTTGTTACCATGGCGGGTTGGGGCTTTGACTTTGTTCGATGTGTCGGTGCTTTTTTCAGTGGTTTGGTTGGGTTGTGTGGGATCTCAC ??+4=ADDFF4A?G,2CEE,3A###############################################################################
HWI-ST169:272:C0RCGACXX:7:2308:18122:200875 141 * 0 0 * * 0 0 GTTGTTTTTTCCTGTAGGTTCATTGTGTTCTCCCGACCTACATTACCCCACACTTTTCTTTAGTGCTTGGCGACTACATATGACTTTCATGAGATTGGTTT +1:BA222=C??CBGBHI:+2A22+4A?*:??:??8)8)0?98*?*9BBB'(;.)7=EH>;==)==>37@@##############################
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HWI-ST169:272:C0RCGACXX:7:2308:18307:200879 141 * 0 0 * * 0 0 GATTAGTGGAGCGATTTGTACCAAGAGCCTTTCCGAACTATACCAAGCCGCACTTCTTATCAAACTTAGCCAACCGTCTCAGGCGGCCAATTAGAGTTGAG :+4A++2AFHGFHAHGGIH,3A+2++11:?GHIIGGGGHJJAHCDFFGF<5;A;?..=?);77;B@(;;@###############################
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HWI-ST169:272:C0RCGACXX:7:2308:18578:200773 141 * 0 0 * * 0 0 ATCCAGTCTGCCTTCAGTAGAGTGTTATCAGTACCTGCGCGTTCCACCCTCACGGTTCAGCTACCTTACGGTGCCGCGCTGCAGGGCCGGAGGAGGTGCTG ++1=42222ACFHG+2+,3<CH<+3CHIDFHDIHGHBEFGH6DBDIGEG=8BG@;5;C;;C?CA?C###################################
All the very best,
N
./stampy.py -t 12 -g xentro3 -h xentro3 -o /ichec/work/nglif015b/stampy-1.0.21/out -M /ichec/work/nglif0/rawdata/batch1
/1.control_1.txt /ichec/work/nglif0/rawdata/batch1/1.control_2.txt
From this I get the output file specified 'out' and my run summary which contains:
stampy: Mapping...
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stampy: Done
The output file I get doesn't seem to be recognised as SAM (which I assumed was default) and I'm not sure what to do with it - any help would be hugely appreciated! Here is the head and tail of the file:
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All the very best,
N
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