help me on reheader ".bam for indexing and mpileup

[jianfeng.mao]

I aligned short reads by an nonpublished aligner. Then I converted the alignments to sam, then bam, and sote bam. They worked for me. Now, I intend to index bam, and then to mpileup bams of multiple samples. I have one bam for each sample.

When I was indexing soted bam, I got ERRORs like this:

$ samtools index maplistbam-sorted.bam
[bam_header_read] EOF marker is absent.
[bam_index_core] truncated file? Continue anyway. (-2)

I am not good at computer operation. So, I need a detailed answer to fix the error. Can I use reheader command in SAMtools to fix it, and how? It was said that higher version of SAMtools can add EOF marker in the sam header automatically, is it true? My SAMtools version may be lower, it was installed at least one year ago.

Please help me, Thanks in advance.


Following is my bam header:

$ samtools view -H maplistbam-sorted.bam
[bam_header_read] EOF marker is absent.
@SQ SN:1 LN:33132539
@SQ SN:2 LN:19320864
@SQ SN:3 LN:24464547
@SQ SN:4 LN:23328337
@SQ SN:5 LN:21221946
@SQ SN:6 LN:25113588
@SQ SN:7 LN:24649197
@SQ SN:8 LN:22951293
@SQ SN:9 LN:1906741
@SQ SN:10 LN:461865
@SQ SN:11 LN:440609
@SQ SN:12 LN:274490
@SQ SN:13 LN:361337
@SQ SN:14 LN:269926
@SQ SN:15 LN:170080
@SQ SN:16 LN:170241
@SQ SN:17 LN:163736
@SQ SN:18 LN:129820
@SQ SN:19 LN:100232
@SQ SN:20 LN:154816
@SQ SN:21 LN:77967
@SQ SN:22 LN:95112
@SQ SN:23 LN:72324
@SQ SN:24 LN:76307
@SQ SN:25 LN:171326
@SQ SN:26 LN:79363
@SQ SN:27 LN:82702
@SQ SN:28 LN:77981
@SQ SN:29 LN:104288
@SQ SN:30 LN:67898
@SQ SN:31 LN:127197
@SQ SN:32 LN:82892
@SQ SN:33 LN:85588
@SQ SN:34 LN:55443
@SQ SN:35 LN:50885
@SQ SN:36 LN:54598
@SQ SN:37 LN:56741
@SQ SN:38 LN:83393
@SQ SN:39 LN:58977
@SQ SN:40 LN:50189
@SQ SN:41 LN:82330
@SQ SN:42 LN:60900
@SQ SN:43 LN:57915
@SQ SN:44 LN:42563
@SQ SN:45 LN:59709
@SQ SN:46 LN:35077
@SQ SN:47 LN:58233
@SQ SN:48 LN:60404
@SQ SN:49 LN:54680
@SQ SN:50 LN:37089
@SQ SN:51 LN:30383
@SQ SN:52 LN:51199
@SQ SN:53 LN:48666
@SQ SN:54 LN:28436
@SQ SN:55 LN:42762
@SQ SN:56 LN:30586
@SQ SN:57 LN:28414
@SQ SN:58 LN:27939
@SQ SN:59 LN:26592
@SQ SN:60 LN:30081
@SQ SN:61 LN:26132
@SQ SN:62 LN:26910
@SQ SN:63 LN:44312
@SQ SN:64 LN:24864
@SQ SN:65 LN:47761
@SQ SN:66 LN:24006
@SQ SN:67 LN:47099
@SQ SN:68 LN:50767
@SQ SN:69 LN:24147
@SQ SN:70 LN:22846
@SQ SN:71 LN:22400
@SQ SN:72 LN:22377
@SQ SN:73 LN:41166
@SQ SN:74 LN:21493
@SQ SN:75 LN:22403
@SQ SN:76 LN:20962
@SQ SN:77 LN:21256
@SQ SN:78 LN:20959
@SQ SN:79 LN:20430
@SQ SN:80 LN:20070
@SQ SN:81 LN:20787
@SQ SN:82 LN:42950
@SQ SN:83 LN:20827
@SQ SN:84 LN:19564
@SQ SN:85 LN:19435
@SQ SN:86 LN:19422
@SQ SN:87 LN:19382
@SQ SN:88 LN:21951
@SQ SN:89 LN:19913
@SQ SN:90 LN:19368
@SQ SN:91 LN:18658
@SQ SN:92 LN:18722
@SQ SN:93 LN:19715
@SQ SN:94 LN:18511
@SQ SN:95 LN:19147
@SQ SN:96 LN:18776
@SQ SN:97 LN:18393
@SQ SN:98 LN:18728
@SQ SN:99 LN:18203
@SQ SN:100 LN:18967
@SQ SN:101 LN:19286
@SQ SN:102 LN:18177
@SQ SN:103 LN:18049
@SQ SN:104 LN:17628
@SQ SN:105 LN:17624
@SQ SN:106 LN:17526
@SQ SN:107 LN:17620
@SQ SN:108 LN:17394
@SQ SN:109 LN:42461
@SQ SN:110 LN:17905
@SQ SN:111 LN:16847
@SQ SN:112 LN:17353
@SQ SN:113 LN:19386
@SQ SN:114 LN:16071
@SQ SN:115 LN:16148
@SQ SN:116 LN:16358
@SQ SN:117 LN:17702
@SQ SN:118 LN:15971
@SQ SN:119 LN:15851
@SQ SN:120 LN:15836
@SQ SN:121 LN:16014
@SQ SN:122 LN:49487
@SQ SN:123 LN:16599
@SQ SN:124 LN:15673
@SQ SN:125 LN:15141
@SQ SN:126 LN:15208
@SQ SN:127 LN:14793
@SQ SN:128 LN:14777
@SQ SN:129 LN:15941
@SQ SN:130 LN:14583
@SQ SN:131 LN:14826
@SQ SN:132 LN:14397
@SQ SN:133 LN:14860
@SQ SN:134 LN:41385
@SQ SN:135 LN:14062
@SQ SN:136 LN:14063
@SQ SN:137 LN:14608
@SQ SN:138 LN:14737
@SQ SN:139 LN:13678
@SQ SN:140 LN:14542
@SQ SN:141 LN:14784
@SQ SN:142 LN:13548
@SQ SN:143 LN:14456
@SQ SN:144 LN:14150
@SQ SN:145 LN:12995
@SQ SN:146 LN:13037
@SQ SN:147 LN:12758
@SQ SN:148 LN:12741
@SQ SN:149 LN:12734
@SQ SN:150 LN:13614
@SQ SN:151 LN:12820
@SQ SN:152 LN:13490
@SQ SN:153 LN:12623
@SQ SN:154 LN:12589
@SQ SN:155 LN:12939
@SQ SN:156 LN:12671
@SQ SN:157 LN:12667
@SQ SN:158 LN:12503
@SQ SN:159 LN:12567
@SQ SN:160 LN:12465
@SQ SN:161 LN:14935
@SQ SN:162 LN:12436
@SQ SN:163 LN:12774
@SQ SN:164 LN:14339
@SQ SN:165 LN:12137
@SQ SN:166 LN:14132
@SQ SN:167 LN:12195
@SQ SN:168 LN:12023
@SQ SN:169 LN:11955
@SQ SN:170 LN:13216
@SQ SN:171 LN:12746
@SQ SN:172 LN:11975
@SQ SN:173 LN:11778
@SQ SN:174 LN:11761
@SQ SN:175 LN:11720
@SQ SN:176 LN:12482
@SQ SN:177 LN:11791
@SQ SN:178 LN:11945
@SQ SN:179 LN:11661
@SQ SN:180 LN:11656
@SQ SN:181 LN:11543
@SQ SN:182 LN:11536
@SQ SN:183 LN:11642
@SQ SN:184 LN:11483
@SQ SN:185 LN:11573
@SQ SN:186 LN:11547
@SQ SN:187 LN:12066
@SQ SN:188 LN:11345
@SQ SN:189 LN:11642
@SQ SN:190 LN:11263
@SQ SN:191 LN:11236
@SQ SN:192 LN:11275
@SQ SN:193 LN:11173
@SQ SN:194 LN:11173
@SQ SN:195 LN:11253
@SQ SN:196 LN:11135
@SQ SN:197 LN:11233
@SQ SN:198 LN:11521
@SQ SN:199 LN:11518
@SQ SN:200 LN:11334
@SQ SN:201 LN:11163
@SQ SN:202 LN:11661
@SQ SN:203 LN:11393
@SQ SN:204 LN:10755
@SQ SN:205 LN:10573
@SQ SN:206 LN:10500
@SQ SN:207 LN:10478
@SQ SN:208 LN:11290
@SQ SN:209 LN:10534
@SQ SN:210 LN:10982
@SQ SN:211 LN:11519
@SQ SN:212 LN:10597
@SQ SN:213 LN:10276
@SQ SN:214 LN:10266
@SQ SN:215 LN:10363
@SQ SN:216 LN:10362
@SQ SN:217 LN:10202
@SQ SN:218 LN:10268
@SQ SN:219 LN:10133
@SQ SN:220 LN:13661
@SQ SN:221 LN:10227
@SQ SN:222 LN:10106
@SQ SN:223 LN:10091
@SQ SN:224 LN:10182
@SQ SN:225 LN:10021
@SQ SN:226 LN:9954
@SQ SN:227 LN:11111
@SQ SN:228 LN:10914
@SQ SN:229 LN:9767
@SQ SN:230 LN:9724
@SQ SN:231 LN:9656
@SQ SN:232 LN:13369
@SQ SN:233 LN:9588
@SQ SN:234 LN:10118
@SQ SN:235 LN:9444
@SQ SN:236 LN:9416
@SQ SN:237 LN:9371
@SQ SN:238 LN:9336
@SQ SN:239 LN:9326
@SQ SN:240 LN:9323
@SQ SN:241 LN:9319
@SQ SN:242 LN:9405
@SQ SN:243 LN:9505
@SQ SN:244 LN:9298
@SQ SN:245 LN:9289
@SQ SN:246 LN:10120
@SQ SN:247 LN:9256
@SQ SN:248 LN:11265
@SQ SN:249 LN:9251
@SQ SN:250 LN:9250
@SQ SN:251 LN:9246
@SQ SN:252 LN:9344
@SQ SN:253 LN:9205
@SQ SN:254 LN:9157
@SQ SN:255 LN:9149
@SQ SN:256 LN:10030
@SQ SN:257 LN:9041
@SQ SN:258 LN:9014
@SQ SN:259 LN:9090
@SQ SN:260 LN:9531
@SQ SN:261 LN:8943
@SQ SN:262 LN:8942
@SQ SN:263 LN:9003
@SQ SN:264 LN:9041
@SQ SN:265 LN:8876
@SQ SN:266 LN:11842
@SQ SN:267 LN:8855
@SQ SN:268 LN:9273
@SQ SN:269 LN:8822
@SQ SN:270 LN:8803
@SQ SN:271 LN:8802
@SQ SN:272 LN:8802
@SQ SN:273 LN:8774
@SQ SN:274 LN:8774
@SQ SN:275 LN:8873
@SQ SN:276 LN:8868
@SQ SN:277 LN:38674
@SQ SN:278 LN:9797
@SQ SN:279 LN:8733
@SQ SN:280 LN:8738
@SQ SN:281 LN:8535
@SQ SN:282 LN:8508
@SQ SN:283 LN:9516
@SQ SN:284 LN:8402
@SQ SN:285 LN:8929
@SQ SN:286 LN:8363
@SQ SN:287 LN:8592
@SQ SN:288 LN:8939
@SQ SN:289 LN:8224
@SQ SN:290 LN:8084
@SQ SN:291 LN:8283
@SQ SN:292 LN:8111
@SQ SN:293 LN:11063
@SQ SN:294 LN:8366
@SQ SN:295 LN:7840
@SQ SN:296 LN:7728
@SQ SN:297 LN:7726
@SQ SN:298 LN:7683
@SQ SN:299 LN:8404
@SQ SN:300 LN:7762
@SQ SN:301 LN:7656
@SQ SN:302 LN:7748
@SQ SN:303 LN:7615
@SQ SN:304 LN:8626
@SQ SN:305 LN:7567
@SQ SN:306 LN:7466
@SQ SN:307 LN:7466
@SQ SN:308 LN:7416
@SQ SN:309 LN:8167
@SQ SN:310 LN:7539
@SQ SN:311 LN:7712
@SQ SN:312 LN:8208
@SQ SN:313 LN:7818
@SQ SN:314 LN:7398
@SQ SN:315 LN:7174
@SQ SN:316 LN:7632
@SQ SN:317 LN:7147
@SQ SN:318 LN:8265
@SQ SN:319 LN:7598
@SQ SN:320 LN:7083
@SQ SN:321 LN:7057
@SQ SN:322 LN:7167
@SQ SN:323 LN:7831
@SQ SN:324 LN:7204
@SQ SN:325 LN:7843
@SQ SN:326 LN:7365
@SQ SN:327 LN:8359
@SQ SN:328 LN:7093
@SQ SN:329 LN:6892
@SQ SN:330 LN:7203
@SQ SN:331 LN:7775
@SQ SN:332 LN:7120
@SQ SN:333 LN:6821
@SQ SN:334 LN:7116
@SQ SN:335 LN:7089
@SQ SN:336 LN:7466
@SQ SN:337 LN:6784
@SQ SN:338 LN:7480
@SQ SN:339 LN:7252
@SQ SN:340 LN:6643
@SQ SN:341 LN:6608
@SQ SN:342 LN:6594
@SQ SN:343 LN:7398
@SQ SN:344 LN:7365
@SQ SN:345 LN:6505
@SQ SN:346 LN:6900
@SQ SN:347 LN:6553
@SQ SN:348 LN:6411
@SQ SN:349 LN:6382
@SQ SN:350 LN:6361
@SQ SN:351 LN:6360
@SQ SN:352 LN:6326
@SQ SN:353 LN:7565
@SQ SN:354 LN:6372
@SQ SN:355 LN:6269
@SQ SN:356 LN:7120
@SQ SN:357 LN:7151
@SQ SN:358 LN:7813
@SQ SN:359 LN:7074
@SQ SN:360 LN:7366
@SQ SN:361 LN:6083
@SQ SN:362 LN:6283
@SQ SN:363 LN:6061
@SQ SN:364 LN:6765
@SQ SN:365 LN:6014
@SQ SN:366 LN:6109
@SQ SN:367 LN:6009
@SQ SN:368 LN:8876
@SQ SN:369 LN:5983
@SQ SN:370 LN:5973
@SQ SN:371 LN:5959
@SQ SN:372 LN:6219
@SQ SN:373 LN:5937
@SQ SN:374 LN:5936
@SQ SN:375 LN:5927
@SQ SN:376 LN:5890
@SQ SN:377 LN:6689
@SQ SN:378 LN:5857
@SQ SN:379 LN:7625
@SQ SN:380 LN:5841
@SQ SN:381 LN:5806
@SQ SN:382 LN:6190
@SQ SN:383 LN:6032
@SQ SN:384 LN:6717
@SQ SN:385 LN:6031
@SQ SN:386 LN:6162
@SQ SN:387 LN:5688
@SQ SN:388 LN:5673
@SQ SN:389 LN:6542
@SQ SN:390 LN:5644
@SQ SN:391 LN:6315
@SQ SN:392 LN:6294
@SQ SN:393 LN:5576
@SQ SN:394 LN:5574
@SQ SN:395 LN:5563
@SQ SN:396 LN:6537
@SQ SN:397 LN:8921
@SQ SN:398 LN:5482
@SQ SN:399 LN:5482
@SQ SN:400 LN:5482
@SQ SN:401 LN:5459
@SQ SN:402 LN:5457
@SQ SN:403 LN:5629
@SQ SN:404 LN:5424
@SQ SN:405 LN:6847
@SQ SN:406 LN:5373
@SQ SN:407 LN:5829
@SQ SN:408 LN:5368
@SQ SN:409 LN:5820
@SQ SN:410 LN:6019
@SQ SN:411 LN:6504
@SQ SN:412 LN:5493
@SQ SN:413 LN:5283
@SQ SN:414 LN:5261
@SQ SN:415 LN:5252
@SQ SN:416 LN:5225
@SQ SN:417 LN:5205
@SQ SN:418 LN:5359
@SQ SN:419 LN:5160
@SQ SN:420 LN:5156
@SQ SN:421 LN:5148
@SQ SN:422 LN:5148
@SQ SN:423 LN:5827
@SQ SN:424 LN:5241
@SQ SN:425 LN:5140
@SQ SN:426 LN:5132
@SQ SN:427 LN:5128
@SQ SN:428 LN:5121
@SQ SN:429 LN:5118
@SQ SN:430 LN:5491
@SQ SN:431 LN:5112
@SQ SN:432 LN:6837
@SQ SN:433 LN:5864
@SQ SN:434 LN:5083
@SQ SN:435 LN:5059
@SQ SN:436 LN:5240
@SQ SN:437 LN:5213
@SQ SN:438 LN:5054
@SQ SN:439 LN:5141
@SQ SN:440 LN:5838
@SQ SN:441 LN:5534
@SQ SN:442 LN:5026
@SQ SN:443 LN:5023
@SQ SN:444 LN:4983
@SQ SN:445 LN:5113
@SQ SN:446 LN:5175
@SQ SN:447 LN:4979
@SQ SN:448 LN:5067
@SQ SN:449 LN:4965
@SQ SN:450 LN:4959
@SQ SN:451 LN:4958
@SQ SN:452 LN:6290
@SQ SN:453 LN:5366
@SQ SN:454 LN:7009
@SQ SN:455 LN:4917
@SQ SN:456 LN:4912
@SQ SN:457 LN:4872
@SQ SN:458 LN:4863
@SQ SN:459 LN:4861
@SQ SN:460 LN:4853
@SQ SN:461 LN:5243
@SQ SN:462 LN:5313
@SQ SN:463 LN:4834
@SQ SN:464 LN:4825
@SQ SN:465 LN:5424
@SQ SN:466 LN:4814
@SQ SN:467 LN:4797
@SQ SN:468 LN:4780
@SQ SN:469 LN:5275
@SQ SN:470 LN:4746
@SQ SN:471 LN:4745
@SQ SN:472 LN:4737
@SQ SN:473 LN:4732
@SQ SN:474 LN:4726
@SQ SN:475 LN:4724
@SQ SN:476 LN:4713
@SQ SN:477 LN:4712
@SQ SN:478 LN:4703
@SQ SN:479 LN:4685
@SQ SN:480 LN:4673
@SQ SN:481 LN:5666
@SQ SN:482 LN:4661
@SQ SN:483 LN:4660
@SQ SN:484 LN:4645
@SQ SN:485 LN:4643
@SQ SN:486 LN:4630
@SQ SN:487 LN:5050
@SQ SN:488 LN:4621
@SQ SN:489 LN:4616
@SQ SN:490 LN:4606
@SQ SN:491 LN:4691
@SQ SN:492 LN:6232
@SQ SN:493 LN:4584
@SQ SN:494 LN:4582
@SQ SN:495 LN:4573
@SQ SN:496 LN:4960
@SQ SN:497 LN:4536
@SQ SN:498 LN:4521
@SQ SN:499 LN:4662
@SQ SN:500 LN:4495
@SQ SN:501 LN:4595
@SQ SN:502 LN:4478
@SQ SN:503 LN:4474
@SQ SN:504 LN:4606
@SQ SN:505 LN:4568
@SQ SN:506 LN:4458
@SQ SN:507 LN:4554
@SQ SN:508 LN:4443
@SQ SN:509 LN:4441
@SQ SN:510 LN:5066
@SQ SN:511 LN:4429
@SQ SN:512 LN:4423
@SQ SN:513 LN:4415
@SQ SN:514 LN:4509
@SQ SN:515 LN:4396
@SQ SN:516 LN:4377
@SQ SN:517 LN:4370
@SQ SN:518 LN:6854
@SQ SN:519 LN:5651
@SQ SN:520 LN:4562
@SQ SN:521 LN:4514
@SQ SN:522 LN:4331
@SQ SN:523 LN:4539
@SQ SN:524 LN:4310
@SQ SN:525 LN:4298
@SQ SN:526 LN:4465
@SQ SN:527 LN:4267
@SQ SN:528 LN:4247
@SQ SN:529 LN:4207
@SQ SN:530 LN:4347
@SQ SN:531 LN:4194
@SQ SN:532 LN:4344
@SQ SN:533 LN:4187
@SQ SN:534 LN:4178
@SQ SN:535 LN:4174
@SQ SN:536 LN:4626
@SQ SN:537 LN:4523
@SQ SN:538 LN:5829
@SQ SN:539 LN:4275
@SQ SN:540 LN:4512
@SQ SN:541 LN:4102
@SQ SN:542 LN:4099
@SQ SN:543 LN:4097
@SQ SN:544 LN:4092
@SQ SN:545 LN:4089
@SQ SN:546 LN:4439
@SQ SN:547 LN:4066
@SQ SN:548 LN:4139
@SQ SN:549 LN:4575
@SQ SN:550 LN:4516
@SQ SN:551 LN:4494
@SQ SN:552 LN:4016
@SQ SN:553 LN:5049
@SQ SN:554 LN:4182
@SQ SN:555 LN:4285
@SQ SN:556 LN:3968
@SQ SN:557 LN:3940
@SQ SN:558 LN:4368
@SQ SN:559 LN:3930
@SQ SN:560 LN:3924
@SQ SN:561 LN:4021
@SQ SN:562 LN:3916
@SQ SN:563 LN:4320
@SQ SN:564 LN:3909
@SQ SN:565 LN:4431
@SQ SN:566 LN:4269
@SQ SN:567 LN:4249
@SQ SN:568 LN:4007
@SQ SN:569 LN:3862
@SQ SN:570 LN:3855
@SQ SN:571 LN:4136
@SQ SN:572 LN:3846
@SQ SN:573 LN:4145
@SQ SN:574 LN:4359
@SQ SN:575 LN:5000
@SQ SN:576 LN:4408
@SQ SN:577 LN:5088
@SQ SN:578 LN:4260
@SQ SN:579 LN:4028
@SQ SN:580 LN:4098
@SQ SN:581 LN:3771
@SQ SN:582 LN:3754
@SQ SN:583 LN:3747
@SQ SN:584 LN:3737
@SQ SN:585 LN:4123
@SQ SN:586 LN:3704
@SQ SN:587 LN:3697
@SQ SN:588 LN:3647
@SQ SN:589 LN:4338
@SQ SN:590 LN:3779
@SQ SN:591 LN:3631
@SQ SN:592 LN:3938
@SQ SN:593 LN:3726
@SQ SN:594 LN:3617
@SQ SN:595 LN:3616
@SQ SN:596 LN:6058
@SQ SN:597 LN:4273
@SQ SN:598 LN:3584
@SQ SN:599 LN:3571
@SQ SN:600 LN:4209
@SQ SN:601 LN:3538
@SQ SN:602 LN:4838
@SQ SN:603 LN:4142
@SQ SN:604 LN:3949
@SQ SN:605 LN:3891
@SQ SN:606 LN:3785
@SQ SN:607 LN:4042
@SQ SN:608 LN:4154
@SQ SN:609 LN:4079
@SQ SN:610 LN:3568
@SQ SN:611 LN:4054
@SQ SN:612 LN:4214
@SQ SN:613 LN:4265
@SQ SN:614 LN:3792
@SQ SN:615 LN:4203
@SQ SN:616 LN:3429
@SQ SN:617 LN:3426
@SQ SN:618 LN:3958
@SQ SN:619 LN:4114
@SQ SN:620 LN:4148
@SQ SN:621 LN:4061
@SQ SN:622 LN:4503
@SQ SN:623 LN:3657
@SQ SN:624 LN:3872
@SQ SN:625 LN:3636
@SQ SN:626 LN:4210
@SQ SN:627 LN:3769
@SQ SN:628 LN:3458
@SQ SN:629 LN:3250
@SQ SN:630 LN:3807
@SQ SN:631 LN:3881
@SQ SN:632 LN:3794
@SQ SN:633 LN:3927
@SQ SN:634 LN:3877
@SQ SN:635 LN:3901
@SQ SN:636 LN:3858
@SQ SN:637 LN:3854
@SQ SN:638 LN:3507
@SQ SN:639 LN:3862
@SQ SN:640 LN:3932
@SQ SN:641 LN:3499
@SQ SN:642 LN:4049
@SQ SN:643 LN:3919
@SQ SN:644 LN:3008
@SQ SN:645 LN:3679
@SQ SN:646 LN:3368
@SQ SN:647 LN:3768
@SQ SN:648 LN:3861
@SQ SN:649 LN:3379
@SQ SN:650 LN:3660
@SQ SN:651 LN:3146
@SQ SN:652 LN:3746
@SQ SN:653 LN:3612
@SQ SN:654 LN:3621
@SQ SN:655 LN:2691
@SQ SN:656 LN:3782
@SQ SN:657 LN:3927
@SQ SN:658 LN:3641
@SQ SN:659 LN:4104
@SQ SN:660 LN:3622
@SQ SN:661 LN:3510
@SQ SN:662 LN:3517
@SQ SN:663 LN:3585
@SQ SN:664 LN:3854
@SQ SN:665 LN:3571
@SQ SN:666 LN:3355
@SQ SN:667 LN:3525
@SQ SN:668 LN:3249
@SQ SN:669 LN:3416
@SQ SN:670 LN:4311
@SQ SN:671 LN:3595
@SQ SN:672 LN:1964
@SQ SN:673 LN:3428
@SQ SN:674 LN:1840
@SQ SN:675 LN:3303
@SQ SN:676 LN:1720
@SQ SN:677 LN:3400
@SQ SN:678 LN:1632
@SQ SN:679 LN:1576
@SQ SN:680 LN:1567
@SQ SN:681 LN:1447
@SQ SN:682 LN:1425
@SQ SN:683 LN:1413
@SQ SN:684 LN:3259
@SQ SN:685 LN:1362
@SQ SN:686 LN:1249
@SQ SN:687 LN:1194
@SQ SN:688 LN:1174
@SQ SN:689 LN:1083
@SQ SN:690 LN:1078
@SQ SN:691 LN:1047
@SQ SN:692 LN:1037
@SQ SN:693 LN:1032
@SQ SN:694 LN:1017
@SQ SN:695 LN:1005
@SQ SN:696 LN:8873
@SQ SN:697 LN:6162
@SQ SN:698 LN:4750
@SQ SN:699 LN:4636
@SQ SN:700 LN:4615
@SQ SN:701 LN:4166
@SQ SN:702 LN:214459
@SQ SN:703 LN:116853
@SQ SN:704 LN:101087
@SQ SN:705 LN:17998
@SQ SN:706 LN:18095
@SQ SN:707 LN:16971
@SQ SN:708 LN:16824
@SQ SN:709 LN:16610
@SQ SN:710 LN:18401
@SQ SN:711 LN:16107
@SQ SN:712 LN:15901
@SQ SN:713 LN:14386
@SQ SN:714 LN:15206
@SQ SN:715 LN:13928
@SQ SN:716 LN:12813
@SQ SN:717 LN:12153
@SQ SN:718 LN:11995
@SQ SN:719 LN:11444
@SQ SN:720 LN:11335
@SQ SN:721 LN:10730
@SQ SN:722 LN:10253
@SQ SN:723 LN:9982
@SQ SN:724 LN:9857
@SQ SN:725 LN:10066
@SQ SN:726 LN:14916
@SQ SN:727 LN:9965
@SQ SN:728 LN:9987
@SQ SN:729 LN:10344
@SQ SN:730 LN:9349
@SQ SN:731 LN:7663
@SQ SN:732 LN:7632
@SQ SN:733 LN:7544
@SQ SN:734 LN:12257
@SQ SN:735 LN:7278
@SQ SN:736 LN:7211
@SQ SN:737 LN:6393
@SQ SN:738 LN:6820
@SQ SN:739 LN:6646
@SQ SN:740 LN:5753
@SQ SN:741 LN:5518
@SQ SN:742 LN:6081
@SQ SN:743 LN:4654
@SQ SN:744 LN:4859
@SQ SN:745 LN:4056
@SQ SN:746 LN:4151
@SQ SN:747 LN:3703
@SQ SN:748 LN:4308
@SQ SN:749 LN:3831
@SQ SN:750 LN:3636
@SQ SN:751 LN:3518
@SQ SN:752 LN:7137
@SQ SN:753 LN:3544
@SQ SN:754 LN:1198
@SQ SN:755 LN:1091
@SQ SN:756 LN:1033
@SQ SN:757 LN:107363
@SQ SN:758 LN:67215
@SQ SN:759 LN:77497
@SQ SN:760 LN:111969
@SQ SN:761 LN:59681
@SQ SN:762 LN:61467
@SQ SN:763 LN:56441
@SQ SN:764 LN:62679
@SQ SN:765 LN:52576
@SQ SN:766 LN:29537
@SQ SN:767 LN:28059
@SQ SN:768 LN:76016
@SQ SN:769 LN:63388
@SQ SN:770 LN:42088
@SQ SN:771 LN:48732
@SQ SN:772 LN:24542
@SQ SN:773 LN:40081
@SQ SN:774 LN:166432
@SQ SN:775 LN:26007
@SQ SN:776 LN:23135
@SQ SN:777 LN:20362
@SQ SN:778 LN:20666
@SQ SN:779 LN:21886
@SQ SN:780 LN:44331
@SQ SN:781 LN:19925
@SQ SN:782 LN:18945
@SQ SN:783 LN:18218
@SQ SN:784 LN:19643
@SQ SN:785 LN:16989
@SQ SN:786 LN:52285
@SQ SN:787 LN:15510
@SQ SN:788 LN:15192
@SQ SN:789 LN:15073
@SQ SN:790 LN:14430
@SQ SN:791 LN:17687
@SQ SN:792 LN:16168
@SQ SN:793 LN:13059
@SQ SN:794 LN:12780
@SQ SN:795 LN:12965
@SQ SN:796 LN:12532
@SQ SN:797 LN:12518
@SQ SN:798 LN:11889
@SQ SN:799 LN:11763
@SQ SN:800 LN:11359
@SQ SN:801 LN:11357
@SQ SN:802 LN:11208
@SQ SN:803 LN:41268
@SQ SN:804 LN:10960
@SQ SN:805 LN:14323
@SQ SN:806 LN:10810
@SQ SN:807 LN:10776
@SQ SN:808 LN:10287
@SQ SN:809 LN:10253
@SQ SN:810 LN:10013
@SQ SN:811 LN:10225
@SQ SN:812 LN:9883
@SQ SN:813 LN:9873
@SQ SN:814 LN:9817
@SQ SN:815 LN:9787
@SQ SN:816 LN:10598
@SQ SN:817 LN:40665
@SQ SN:818 LN:9571
@SQ SN:819 LN:9558
@SQ SN:820 LN:9451
@SQ SN:821 LN:10296
@SQ SN:822 LN:9404
@SQ SN:823 LN:9325
@SQ SN:824 LN:9789
@SQ SN:825 LN:9041
@SQ SN:826 LN:9014
@SQ SN:827 LN:8890
@SQ SN:828 LN:8828
@SQ SN:829 LN:8778
@SQ SN:830 LN:8606
@SQ SN:831 LN:8597
@SQ SN:832 LN:8550
@SQ SN:833 LN:8646
@SQ SN:834 LN:8654
@SQ SN:835 LN:8309
@SQ SN:836 LN:8820
@SQ SN:837 LN:8651
@SQ SN:838 LN:8280
@SQ SN:839 LN:8182
@SQ SN:840 LN:8132
@SQ SN:841 LN:8073
@SQ SN:842 LN:7990
@SQ SN:843 LN:8113
@SQ SN:844 LN:7864
@SQ SN:845 LN:7890
@SQ SN:846 LN:7782
@SQ SN:847 LN:7766
@SQ SN:848 LN:7741
@SQ SN:849 LN:7661
@SQ SN:850 LN:9558
@SQ SN:851 LN:7600
@SQ SN:852 LN:7571
@SQ SN:853 LN:7502
@SQ SN:854 LN:7419
@SQ SN:855 LN:7334
@SQ SN:856 LN:7233
@SQ SN:857 LN:7781
@SQ SN:858 LN:7130
@SQ SN:859 LN:7119
@SQ SN:860 LN:6968
@SQ SN:861 LN:6933
@SQ SN:862 LN:6904
@SQ SN:863 LN:6849
@SQ SN:864 LN:6886
@SQ SN:865 LN:7716
@SQ SN:866 LN:6678
@SQ SN:867 LN:6629
@SQ SN:868 LN:6628
@SQ SN:869 LN:6724
@SQ SN:870 LN:6582
@SQ SN:871 LN:6576
@SQ SN:872 LN:7066
@SQ SN:873 LN:6952
@SQ SN:874 LN:6442
@SQ SN:875 LN:6395
@SQ SN:876 LN:6602
@SQ SN:877 LN:6376
@SQ SN:878 LN:7340
@SQ SN:879 LN:6348
@SQ SN:880 LN:6334
@SQ SN:881 LN:6332
@SQ SN:882 LN:6331
@SQ SN:883 LN:6691
@SQ SN:884 LN:7059
@SQ SN:885 LN:6275
@SQ SN:886 LN:9404
@SQ SN:887 LN:6691
@SQ SN:888 LN:6243
@SQ SN:889 LN:7525
@SQ SN:890 LN:6229
@SQ SN:891 LN:6211
@SQ SN:892 LN:6190
@SQ SN:893 LN:6179
@SQ SN:894 LN:6178
@SQ SN:895 LN:6786
@SQ SN:896 LN:6630
@SQ SN:897 LN:6082
@SQ SN:898 LN:6067
@SQ SN:899 LN:6064
@SQ SN:900 LN:6045
@SQ SN:901 LN:6035
@SQ SN:902 LN:6010
@SQ SN:903 LN:6003
@SQ SN:904 LN:5985
@SQ SN:905 LN:5982
@SQ SN:906 LN:5982
@SQ SN:907 LN:6255
@SQ SN:908 LN:5971
@SQ SN:909 LN:5952
@SQ SN:910 LN:5943
@SQ SN:911 LN:5934
@SQ SN:912 LN:5919
@SQ SN:913 LN:6451
@SQ SN:914 LN:6194
@SQ SN:915 LN:6855
@SQ SN:916 LN:5734
@SQ SN:917 LN:5727
@SQ SN:918 LN:5701
@SQ SN:919 LN:5988
@SQ SN:920 LN:7317
@SQ SN:921 LN:5646
@SQ SN:922 LN:6725
@SQ SN:923 LN:5630
@SQ SN:924 LN:9258
@SQ SN:925 LN:5754
@SQ SN:926 LN:5528
@SQ SN:927 LN:5523
@SQ SN:928 LN:5621
@SQ SN:929 LN:5511
@SQ SN:930 LN:5413
@SQ SN:931 LN:5390
@SQ SN:932 LN:5358
@SQ SN:933 LN:12876
@SQ SN:934 LN:5318
@SQ SN:935 LN:7677
@SQ SN:936 LN:5293
@SQ SN:937 LN:5289
@SQ SN:938 LN:5283
@SQ SN:939 LN:5242
@SQ SN:940 LN:5543
@SQ SN:941 LN:5221
@SQ SN:942 LN:5169
@SQ SN:943 LN:5113
@SQ SN:944 LN:5099
@SQ SN:945 LN:5024
@SQ SN:946 LN:5010
@SQ SN:947 LN:7807
@SQ SN:948 LN:4995
@SQ SN:949 LN:4988
@SQ SN:950 LN:4980
@SQ SN:951 LN:8479
@SQ SN:952 LN:4957
@SQ SN:953 LN:4917
@SQ SN:954 LN:5012
@SQ SN:955 LN:5022
@SQ SN:956 LN:5634
@SQ SN:957 LN:4847
@SQ SN:958 LN:4840
@SQ SN:959 LN:49303
@SQ SN:960 LN:4824
@SQ SN:961 LN:4919
@SQ SN:962 LN:4726
@SQ SN:963 LN:4712
@SQ SN:964 LN:4704
@SQ SN:965 LN:4696
@SQ SN:966 LN:4768
@SQ SN:967 LN:4662
@SQ SN:968 LN:4952
@SQ SN:969 LN:4631
@SQ SN:970 LN:7580
@SQ SN:971 LN:4712
@SQ SN:972 LN:4604
@SQ SN:973 LN:4596
@SQ SN:974 LN:4656
@SQ SN:975 LN:4541
@SQ SN:976 LN:4635
@SQ SN:977 LN:4571
@SQ SN:978 LN:4557
@SQ SN:979 LN:4451
@SQ SN:980 LN:7608
@SQ SN:981 LN:4410
@SQ SN:982 LN:4975
@SQ SN:983 LN:4368
@SQ SN:984 LN:4339
@SQ SN:985 LN:4336
@SQ SN:986 LN:4630
@SQ SN:987 LN:4280
@SQ SN:988 LN:4721
@SQ SN:989 LN:4584
@SQ SN:990 LN:5818
@SQ SN:991 LN:5150
@SQ SN:992 LN:4223
@SQ SN:993 LN:4372
@SQ SN:994 LN:4174
@SQ SN:995 LN:4143
@SQ SN:996 LN:4558
@SQ SN:997 LN:4116
@SQ SN:998 LN:4110
@SQ SN:999 LN:4237
@SQ SN:1000 LN:4098
@SQ SN:1001 LN:8117
@SQ SN:1002 LN:4320
@SQ SN:1003 LN:4067
@SQ SN:1004 LN:4157
@SQ SN:1005 LN:4158
@SQ SN:1006 LN:4321
@SQ SN:1007 LN:4316
@SQ SN:1008 LN:4679
@SQ SN:1009 LN:3934
@SQ SN:1010 LN:8164
@SQ SN:1011 LN:3895
@SQ SN:1012 LN:3893
@SQ SN:1013 LN:7988
@SQ SN:1014 LN:3945
@SQ SN:1015 LN:3942
@SQ SN:1016 LN:3836
@SQ SN:1017 LN:4254
@SQ SN:1018 LN:5459
@SQ SN:1019 LN:12860
@SQ SN:1020 LN:4211
@SQ SN:1021 LN:3887
@SQ SN:1022 LN:3754
@SQ SN:1023 LN:4016
@SQ SN:1024 LN:4166
@SQ SN:1025 LN:4193
@SQ SN:1026 LN:3819
@SQ SN:1027 LN:4186
@SQ SN:1028 LN:3697
@SQ SN:1029 LN:3691
@SQ SN:1030 LN:4349
@SQ SN:1031 LN:5723
@SQ SN:1032 LN:3668
@SQ SN:1033 LN:4156
@SQ SN:1034 LN:4399
@SQ SN:1035 LN:4205
@SQ SN:1036 LN:3928
@SQ SN:1037 LN:5036
@SQ SN:1038 LN:3973
@SQ SN:1039 LN:3846
@SQ SN:1040 LN:3825
@SQ SN:1041 LN:3593
@SQ SN:1042 LN:3963
@SQ SN:1043 LN:4171
@SQ SN:1044 LN:3538
@SQ SN:1045 LN:3937
@SQ SN:1046 LN:4277
@SQ SN:1047 LN:4011
@SQ SN:1048 LN:3822
@SQ SN:1049 LN:3582
@SQ SN:1050 LN:4066
@SQ SN:1051 LN:4037
@SQ SN:1052 LN:4085
@SQ SN:1053 LN:3728
@SQ SN:1054 LN:3791
@SQ SN:1055 LN:3785
@SQ SN:1056 LN:3773
@SQ SN:1057 LN:4045
@SQ SN:1058 LN:3816
@SQ SN:1059 LN:4050
@SQ SN:1060 LN:3941
@SQ SN:1061 LN:3901
@SQ SN:1062 LN:3196
@SQ SN:1063 LN:8183
@SQ SN:1064 LN:4015
@SQ SN:1065 LN:3760
@SQ SN:1066 LN:3832
@SQ SN:1067 LN:3608
@SQ SN:1068 LN:4140
@SQ SN:1069 LN:3382
@SQ SN:1070 LN:3563
@SQ SN:1071 LN:3589
@SQ SN:1072 LN:3684
@SQ SN:1073 LN:2664
@SQ SN:1074 LN:3596
@SQ SN:1075 LN:3126
@SQ SN:1076 LN:3610
@SQ SN:1077 LN:3633
@SQ SN:1078 LN:4363
@SQ SN:1079 LN:5746
@SQ SN:1080 LN:3773
@SQ SN:1081 LN:3403
@SQ SN:1082 LN:3874
@SQ SN:1083 LN:3198
@SQ SN:1084 LN:3345
@SQ SN:1085 LN:3452
@SQ SN:1086 LN:3470
@SQ SN:1087 LN:3389
@SQ SN:1088 LN:3259
@SQ SN:1089 LN:3207
@SQ SN:1090 LN:1639
@SQ SN:1091 LN:1522
@SQ SN:1092 LN:1475
@SQ SN:1093 LN:1393
@SQ SN:1094 LN:1356
@SQ SN:1095 LN:1290
@SQ SN:1096 LN:1209
@SQ SN:1097 LN:1158
@SQ SN:1098 LN:1082
@SQ SN:1099 LN:1035

[jianfeng.mao]

Mr. Erik from samtools mailinglist gave me reply like that:
--------------------------------------------------------------------------------------
I'm guessing (really guessing) that in your sort process, you actually resulted in a truncated file.

Try

a) make sure you have enough disk space!
b) re-sort it
c) re-index

What version of samtools are you using?
-------------------------------------------------------------------------------------


I have confirmed the space for using when I do sorting on bam. There
are 7.9 T b . I think It should enough for sorting bam.
My bam is not so big:

-rw-rw-r-- 1 jmao ebio 26968430716 2010-12-16 13:34 map.list.bam

So, Erik, Could you please give any more direction? How to check if my
bam file for sorting is a good one?

In the following, map.list.sam is my sam file for converting to bam
file. The bam file looks ten times samller thant sam.

-rw-rw-r-- 1 jmao ebio 12349079552 2010-12-16 17:04 maplistbam-sorted.bam
-rw-rw-r-- 1 jmao ebio 636392 2010-12-17 09:25
maplistbam-sorted.bam.bai
-rwxrw-r-x 1 jmao ebio 123456613567 2010-12-08 13:42 map.list.sam

My sam looks like this:

110210010374503018 67 1 1 0 68M1D3M1I3M
* 0 0
TCACTTTCACTTCTGGATGCTTGTGGTTAAACACCTCACCATTCCTGTTCAACTCCTCCCCCTGTTTCGTTCCCG
CCCCCCCCCCCCCCCACCCCCCCDC##################################################
MD:Z:26A2T38^A3N1A1
110211181203212143 67 1 4 0 101M *
0 0
CTTTCACTTCTGGATGCTTGTGGATATACACCTCACCATTCCTGTTCAACTCCTCCCCCTGTTTCAGTTCAGCAAAAGTTTAACTCTGCGGACGGCATCTA
CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCDCCCCCCCCCCDCCCDDBBCBCC@DCBCDDCBBCDBB>@>ABBDDBDCBBBDBBBDCBABBBACAB>>B-8A?A?CAA:BB
MD:Z:101
110210940527208528 137 1 5 0 101M *
0 0
TTTCACTTCTGGATGCTTGTGGATATACACCTCACCATTCCTGTTCAACTCCTCCCCCTGTTTCAGTTCAGCAAAAGTTTAACTCTGCGGACGGCATCTAC
@@BBA@B=@ABBB=>@@B@B=BBBBBBBBBBBBBBBBB@BBB>@BBBBB@@@@BBB==:B<@B@@@-@@:>@@B@A@@9AABB@B:/2/?BABBA<4@/>B
MD:Z:101
110210850423407552 153 1 6 0 95M *
0 0
TGCCGTCCGCAGAGTTAAACTTTTGCTGAACTGAAACAGGGGGAGGAGTTGAACAGGAATGGTGAGGTGTATATCCACAAGCATCCAGAAGTGAA
CCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC8CCCCCCACCCCCCACA@@:CBBACCCCCCBA<CB.@>:6(9(;@@:<B@BCDBDB@D@>B@9@0@6@
MD:Z:95
503410211145216346 153 1 6 0 101M *
0 0
GGTAGATGCCGTCCGCAGAGTTAAACTTTTGCTGAACTGAAACAGGGGGAGGAGTTGAACAGGAATGGTGAGGTCTATATCCACAAGCATCCAGAAGTGAA
<<9'<AAAAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCD@@@CBCCACCCCC@<CCCABBCB9CBBBBBADAB@CBBB?AB;BA5?5<>:
MD:Z:26C74
503410941820117468 153 1 7 0 85M *
0 0
CATCAATACTCTTTTGCTGAACTGAAACAGGGGGAGGAGTTGAACAGGAATGGTGAGGTGTATATCCACAAGCATCCAGAAGTGA
CCCCCCCCCCCCCCCBCCCCCCCCCCCCC6CCCCBBB:CBCCCCCCCC?CCCC@C?BB*B+;<?

[Bruins]

In this post nilshome suggests that the temorary directory used by the software is not actually pointing to the available terabytes. I'm not sure but this may the case for you as well since the other post was about Picard and your troubles are samtools.

The bam file is supposed to be much smaller than the sam, since it holds exactly the same information but then compressed to a binary format.

Picard has a tool for validating sam files (validateSam I think it's called), please see their docs (http://picard.sourceforge.net/comman...overview.shtml) perhaps this can help you.

Hope that helps,
cheers

[jianfeng.mao]

Thanks for the kind reply.

I am now just re do what I have done (sam -> bam conversion; bam sorting) using the updated version SAMtools-0.1.12. I guess maybe different samtools verison will affect the results I got.

Hope it will be fine.