Hi all,
I need help in re-writting the header of my miseq fastq file. can anyone help please?
Now Read1 need to be re-written as
@130110_A5T23:1:1101:15646:1320 1:0:1:NTTGTATC
NAGTAAGATACAGTCTATCGGGTTTAAGTTATACAACATAGTACAGTACATTCATACCTACCTCTGCAATTAAATTTGGCGGTGTCATAATGTCTTTCAGCACAACTAAAAGAAAAGTTTAAAAGTGATATAAAGTTATCTTTTGCACTT
+
#>>AABFFFFFFGGGGGGGGGGCFGHHHHHHHHHHHHHHHHGFHHHHHHHHGHGHHHHHHGHHGHHHGHHHHHHHHHEHGGGEEFGHHHHFHHHGHHHHFHHHHGGGHHHHGGHHGHHHHHHHGHBGHHHHHHHHHFHFHHHHHGHFHHH
@130110_A5T23:1:1101:17282:1320 0:0:1:NTTAGTCT
NGGGAGGATGGCTTGAGCCTAGAGGGTTGAGGCTGCAGTGAGCTGTGAGCATGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGTGAGGCTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAATAAAATATAAGGGACATAAAATAAAGCAA
+
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i.e. index corresponding to the same id need to come to the header of the Read1 sequences.
Can someone help me out with this??
Thanks and regards
I need help in re-writting the header of my miseq fastq file. can anyone help please?
Read1:
@130110_A5T23:1:1101:15646:1320:1#0/1
NAGTAAGATACAGTCTATCGGGTTTAAGTTATACAACATAGTACAGTACATTCATACCTACCTCTGCAATTAAATTTGGCGGTGTCATAATGTCTTTCAGCACAACTAAAAGAAAAGTTTAAAAGTGATATAAAGTTATCTTTTGCACTT
+
#>>AABFFFFFFGGGGGGGGGGCFGHHHHHHHHHHHHHHHHGFHHHHHHHHGHGHHHHHHGHHGHHHGHHHHHHHHHEHGGGEEFGHHHHFHHHGHHHHFHHHHGGGHHHHGGHHGHHHHHHHGHBGHHHHHHHHHFHFHHHHHGHFHHH
@130110_A5T23:1:1101:17282:1320:0#0/1
NGGGAGGATGGCTTGAGCCTAGAGGGTTGAGGCTGCAGTGAGCTGTGAGCATGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGTGAGGCTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAATAAAATATAAGGGACATAAAATAAAGCAA
+
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@130110_A5T23:1:1101:15646:1320:1#0/1
NAGTAAGATACAGTCTATCGGGTTTAAGTTATACAACATAGTACAGTACATTCATACCTACCTCTGCAATTAAATTTGGCGGTGTCATAATGTCTTTCAGCACAACTAAAAGAAAAGTTTAAAAGTGATATAAAGTTATCTTTTGCACTT
+
#>>AABFFFFFFGGGGGGGGGGCFGHHHHHHHHHHHHHHHHGFHHHHHHHHGHGHHHHHHGHHGHHHGHHHHHHHHHEHGGGEEFGHHHHFHHHGHHHHFHHHHGGGHHHHGGHHGHHHHHHHGHBGHHHHHHHHHFHFHHHHHGHFHHH
@130110_A5T23:1:1101:17282:1320:0#0/1
NGGGAGGATGGCTTGAGCCTAGAGGGTTGAGGCTGCAGTGAGCTGTGAGCATGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGTGAGGCTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAATAAAATATAAGGGACATAAAATAAAGCAA
+
#>>AAA1A1B>F1A1FAFGCG0GBFEAAEHGBFCFFHHA1FEGGFFGGFFHHHGHHHHGHHHHHHHHHGHGGGHHGHHHFHGHGFGGHHHHHHHHHFGHHGGGEGGGGGGGGGGGCC.<<G0DGGFC:CCC0CC.::00:<00:9C####
Index
@130110_A5T23:1:1101:15646:1320:1#0/2
NTTGTATC
+
#>>AAAFF
@130110_A5T23:1:1101:17282:1320:0#0/2
NTTAGTCT
+
#1>>AAFF
@130110_A5T23:1:1101:15646:1320:1#0/2
NTTGTATC
+
#>>AAAFF
@130110_A5T23:1:1101:17282:1320:0#0/2
NTTAGTCT
+
#1>>AAFF
@130110_A5T23:1:1101:15646:1320 1:0:1:NTTGTATC
NAGTAAGATACAGTCTATCGGGTTTAAGTTATACAACATAGTACAGTACATTCATACCTACCTCTGCAATTAAATTTGGCGGTGTCATAATGTCTTTCAGCACAACTAAAAGAAAAGTTTAAAAGTGATATAAAGTTATCTTTTGCACTT
+
#>>AABFFFFFFGGGGGGGGGGCFGHHHHHHHHHHHHHHHHGFHHHHHHHHGHGHHHHHHGHHGHHHGHHHHHHHHHEHGGGEEFGHHHHFHHHGHHHHFHHHHGGGHHHHGGHHGHHHHHHHGHBGHHHHHHHHHFHFHHHHHGHFHHH
@130110_A5T23:1:1101:17282:1320 0:0:1:NTTAGTCT
NGGGAGGATGGCTTGAGCCTAGAGGGTTGAGGCTGCAGTGAGCTGTGAGCATGCCATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAGAGTGAGGCTCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAAATAAAATATAAGGGACATAAAATAAAGCAA
+
#>>AAA1A1B>F1A1FAFGCG0GBFEAAEHGBFCFFHHA1FEGGFFGGFFHHHGHHHHGHHHHHHHHHGHGGGHHGHHHFHGHGFGGHHHHHHHHHFGHHGGGEGGGGGGGGGGGCC.<<G0DGGFC:CCC0CC.::00:<00:9C####
Can someone help me out with this??
Thanks and regards
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