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Old 11-19-2012, 01:22 AM   #1
stylz2k
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Join Date: Nov 2012
Posts: 8
Default Trouble with compiling bwa 0.6.2

Hello,

I am new to this forum and this is my first post so please be gentle...

As in the title already mentioned, i have some serious trouble to compile the new bwa version.

I have a x64 Linux Ubuntu 12.04 LTS machine with Intel i5 and 8 gb RAM.

Code:
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD   bwa.c -o bwa.o
bwa.c: In Funktion »bwa_idx_load«:
bwa.c:52:7: Warnung: Der Rückgabewert von »fread«, der mit dem Attribut warn_unused_result deklariert wurde, wird ignoriert [-Wunused-result]
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD   bamlite.c -o bamlite.o
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD   utils.c -o utils.o
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD   bwt.c -o bwt.o
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD   bwtio.c -o bwtio.o
bwtio.c: In Funktion »bwt_restore_bwt«:
bwtio.c:62:7: Warnung: Der Rückgabewert von »fread«, der mit dem Attribut warn_unused_result deklariert wurde, wird ignoriert [-Wunused-result]
bwtio.c:63:7: Warnung: Der Rückgabewert von »fread«, der mit dem Attribut warn_unused_result deklariert wurde, wird ignoriert [-Wunused-result]
bwtio.c:64:7: Warnung: Der Rückgabewert von »fread«, der mit dem Attribut warn_unused_result deklariert wurde, wird ignoriert [-Wunused-result]
bwtio.c: In Funktion »bwt_restore_sa«:
bwtio.c:36:7: Warnung: Der Rückgabewert von »fread«, der mit dem Attribut warn_unused_result deklariert wurde, wird ignoriert [-Wunused-result]
bwtio.c:38:7: Warnung: Der Rückgabewert von »fread«, der mit dem Attribut warn_unused_result deklariert wurde, wird ignoriert [-Wunused-result]
bwtio.c:39:7: Warnung: Der Rückgabewert von »fread«, der mit dem Attribut warn_unused_result deklariert wurde, wird ignoriert [-Wunused-result]
bwtio.c:40:7: Warnung: Der Rückgabewert von »fread«, der mit dem Attribut warn_unused_result deklariert wurde, wird ignoriert [-Wunused-result]
bwtio.c:47:7: Warnung: Der Rückgabewert von »fread«, der mit dem Attribut warn_unused_result deklariert wurde, wird ignoriert [-Wunused-result]
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD   bwtaln.c -o bwtaln.o
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD   bwtgap.c -o bwtgap.o
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD   bntseq.c -o bntseq.o
bntseq.c: In Funktion »bns_restore_core«:
bntseq.c:99:9: Warnung: Der Rückgabewert von »fscanf«, der mit dem Attribut warn_unused_result deklariert wurde, wird ignoriert [-Wunused-result]
bntseq.c:107:10: Warnung: Der Rückgabewert von »fscanf«, der mit dem Attribut warn_unused_result deklariert wurde, wird ignoriert [-Wunused-result]
bntseq.c:115:10: Warnung: Der Rückgabewert von »fscanf«, der mit dem Attribut warn_unused_result deklariert wurde, wird ignoriert [-Wunused-result]
bntseq.c:124:9: Warnung: Der Rückgabewert von »fscanf«, der mit dem Attribut warn_unused_result deklariert wurde, wird ignoriert [-Wunused-result]
bntseq.c:130:10: Warnung: Der Rückgabewert von »fscanf«, der mit dem Attribut warn_unused_result deklariert wurde, wird ignoriert [-Wunused-result]
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD   stdaln.c -o stdaln.o
stdaln.c: In Funktion »aln_local_core«:
stdaln.c:545:25: Warnung: Variable »b« gesetzt, aber nicht verwendet [-Wunused-but-set-variable]
stdaln.c: In Funktion »aln_extend_core«:
stdaln.c:865:16: Warnung: Variable »tmp_len« gesetzt, aber nicht verwendet [-Wunused-but-set-variable]
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD   bwaseqio.c -o bwaseqio.o
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD   bwase.c -o bwase.o
bwase.c: In Funktion »bwa_aln2seq_core«:
bwase.c:74:15: Warnung: Variable »k« gesetzt, aber nicht verwendet [-Wunused-but-set-variable]
bwase.c: In Funktion »bwa_print_sam1«:
bwase.c:445:17: Warnung: Variable »m_is_N« gesetzt, aber nicht verwendet [-Wunused-but-set-variable]
bwase.c: In Funktion »bwa_sai2sam_se_core«:
bwase.c:601:7: Warnung: Der Rückgabewert von »fread«, der mit dem Attribut warn_unused_result deklariert wurde, wird ignoriert [-Wunused-result]
bwase.c:617:9: Warnung: Der Rückgabewert von »fread«, der mit dem Attribut warn_unused_result deklariert wurde, wird ignoriert [-Wunused-result]
bwase.c:622:9: Warnung: Der Rückgabewert von »fread«, der mit dem Attribut warn_unused_result deklariert wurde, wird ignoriert [-Wunused-result]
bwase.c: In Funktion »bwa_refine_gapped«:
bwase.c:308:8: Warnung: Der Rückgabewert von »fread«, der mit dem Attribut warn_unused_result deklariert wurde, wird ignoriert [-Wunused-result]
bwase.c:314:8: Warnung: Der Rückgabewert von »fread«, der mit dem Attribut warn_unused_result deklariert wurde, wird ignoriert [-Wunused-result]
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD   kstring.c -o kstring.o
ar -csru libbwa.a bwa.o bamlite.o utils.o bwt.o bwtio.o bwtaln.o bwtgap.o bntseq.o stdaln.o bwaseqio.o bwase.o kstring.o
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD   QSufSort.c -o QSufSort.o
QSufSort.c: In Funktion »QSufSortSuffixSort«:
QSufSort.c:62:10: Warnung: Variable »maxNumInputSymbol« gesetzt, aber nicht verwendet [-Wunused-but-set-variable]
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD   bwt_gen.c -o bwt_gen.o
bwt_gen.c: In Funktion »BWTIncBuildRelativeRank«:
bwt_gen.c:873:10: Warnung: Variable »oldInverseSa0RelativeRank« gesetzt, aber nicht verwendet [-Wunused-but-set-variable]
bwt_gen.c: In Funktion »BWTIncMergeBwt«:
bwt_gen.c:947:15: Warnung: Variable »bitsInWordMinusBitPerChar« gesetzt, aber nicht verwendet [-Wunused-but-set-variable]
bwt_gen.c: In Funktion »BWTIncConstructFromPacked«:
bwt_gen.c:1452:7: Warnung: Der Rückgabewert von »fread«, der mit dem Attribut warn_unused_result deklariert wurde, wird ignoriert [-Wunused-result]
bwt_gen.c:1468:7: Warnung: Der Rückgabewert von »fread«, der mit dem Attribut warn_unused_result deklariert wurde, wird ignoriert [-Wunused-result]
bwt_gen.c:1483:8: Warnung: Der Rückgabewert von »fread«, der mit dem Attribut warn_unused_result deklariert wurde, wird ignoriert [-Wunused-result]
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD   is.c -o is.o
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD   bwtmisc.c -o bwtmisc.o
bwtmisc.c: In Funktion »bwa_pac2cspac_core«:
bwtmisc.c:172:7: Warnung: Der Rückgabewert von »fread«, der mit dem Attribut warn_unused_result deklariert wurde, wird ignoriert [-Wunused-result]
bwtmisc.c: In Funktion »bwt_pac2bwt«:
bwtmisc.c:72:7: Warnung: Der Rückgabewert von »fread«, der mit dem Attribut warn_unused_result deklariert wurde, wird ignoriert [-Wunused-result]
bwtmisc.c: In Funktion »bwa_seq_len«:
bwtmisc.c:51:7: Warnung: Der Rückgabewert von »fread«, der mit dem Attribut warn_unused_result deklariert wurde, wird ignoriert [-Wunused-result]
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD   bwtindex.c -o bwtindex.o
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD   ksw.c -o ksw.o
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD   simple_dp.c -o simple_dp.o
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD   bwape.c -o bwape.o
bwape.c: In Funktion »bwa_sai2sam_pe_core«:
bwape.c:686:7: Warnung: Der Rückgabewert von »fread«, der mit dem Attribut warn_unused_result deklariert wurde, wird ignoriert [-Wunused-result]
bwape.c:689:7: Warnung: Der Rückgabewert von »fread«, der mit dem Attribut warn_unused_result deklariert wurde, wird ignoriert [-Wunused-result]
bwape.c:700:9: Warnung: Der Rückgabewert von »fread«, der mit dem Attribut warn_unused_result deklariert wurde, wird ignoriert [-Wunused-result]
bwape.c: In Funktion »bwa_paired_sw«:
bwape.c:530:8: Warnung: Der Rückgabewert von »fread«, der mit dem Attribut warn_unused_result deklariert wurde, wird ignoriert [-Wunused-result]
bwape.c: In Funktion »bwa_cal_pac_pos_pe«:
bwape.c:312:9: Warnung: Der Rückgabewert von »fread«, der mit dem Attribut warn_unused_result deklariert wurde, wird ignoriert [-Wunused-result]
bwape.c:316:9: Warnung: Der Rückgabewert von »fread«, der mit dem Attribut warn_unused_result deklariert wurde, wird ignoriert [-Wunused-result]
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD   cs2nt.c -o cs2nt.o
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD   bwtsw2_core.c -o bwtsw2_core.o
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD   bwtsw2_main.c -o bwtsw2_main.o
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD   bwtsw2_aux.c -o bwtsw2_aux.o
bwtsw2_aux.c: In Funktion »gen_cigar«:
bwtsw2_aux.c:187:7: Warnung: Variable »score« gesetzt, aber nicht verwendet [-Wunused-but-set-variable]
bwtsw2_aux.c: In Funktion »bsw2_aln«:
bwtsw2_aux.c:775:7: Warnung: Der Rückgabewert von »fread«, der mit dem Attribut warn_unused_result deklariert wurde, wird ignoriert [-Wunused-result]
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD   bwt_lite.c -o bwt_lite.o
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD   bwtsw2_chain.c -o bwtsw2_chain.o
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD   fastmap.c -o fastmap.o
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD   bwtsw2_pair.c -o bwtsw2_pair.o
gcc -c -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD   main.c -o main.o
gcc -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD  QSufSort.o bwt_gen.o is.o bwtmisc.o bwtindex.o ksw.o simple_dp.o bwape.o cs2nt.o bwtsw2_core.o bwtsw2_main.o bwtsw2_aux.o bwt_lite.o bwtsw2_chain.o fastmap.o bwtsw2_pair.o main.o -o bwa -L. -lbwa -lm -lz -lpthread -L/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libz.so -Lbwt_gen -lbwtgen 
/usr/bin/ld: cannot find -lbwtgen
collect2: ld gab 1 als Ende-Status zurück
make: *** [bwa] Fehler 1
I have already search this forum for suggestions but cant find anything related to my problem


Could you please help me ?

Best Regards,
stylz2k is offline   Reply With Quote
Old 11-19-2012, 02:41 AM   #2
xied75
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Location: Oxford

Join Date: Feb 2012
Posts: 129
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Your last line seems different with my run, here is my last line:

Code:
gcc -g -Wall -O2 -DHAVE_PTHREAD  QSufSort.o bwt_gen.o is.o bwtmisc.o bwtindex.o ksw.o simple_dp.o bwape.o cs2nt.o bwtsw2_core.o bwtsw2_main.o bwtsw2_aux.o bwt_lite.o bwtsw2_chain.o fastmap.o bwtsw2_pair.o main.o -o bwa -L. -lbwa -lm -lz -lpthread
You have these extra at the tail:
Code:
-L/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libz.so -Lbwt_gen -lbwtgen
Did you modified your makefile?
xied75 is offline   Reply With Quote
Old 11-19-2012, 02:54 AM   #3
stylz2k
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Posts: 8
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Yes i had to modify my Makefile because the libz.so is not in the standard directory
(I don't know excatly why...)

But i now managed to compile the new 0.6.2 Version.

But now i get Segmentation fault Error...

Code:
bwa sampe hg19 Sample16_R1_aligned.sai Sample16_R2_aligned.sai Sample16_R1.fastq Sample16_R2.fastq > Sample16_aligned.sam
[bwa_sai2sam_pe_core] convert to sequence coordinate... 
Segmentation fault (core dumped)
stylz2k is offline   Reply With Quote
Old 11-19-2012, 02:57 AM   #4
xied75
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Location: Oxford

Join Date: Feb 2012
Posts: 129
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Now you can start to search the forum again on "segmentation fault", tons of it to look at.
xied75 is offline   Reply With Quote
Old 11-19-2012, 03:04 AM   #5
stylz2k
Junior Member
 
Location: Germany

Join Date: Nov 2012
Posts: 8
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Yeah... i see

Thanks for the Support!

P.S. I only have to put the bwa file to /usr/local/bin right? Do i need the other Files of the Archive or can i just delete them ?!
stylz2k is offline   Reply With Quote
Old 11-19-2012, 09:16 AM   #6
xied75
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Posts: 129
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Other files not needed.

Regarding the fault, try re-run the INDEX step, then use the new files to ALN, then SAMPE, see what happens,

Best,

dong
xied75 is offline   Reply With Quote
Old 11-20-2012, 11:20 PM   #7
stylz2k
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Join Date: Nov 2012
Posts: 8
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Thanks xied75,

It worked for me!

Best,

stylz2k

Last edited by stylz2k; 11-21-2012 at 01:19 AM.
stylz2k is offline   Reply With Quote
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