I download samtools-1.2, extracted, and in the make process I get:
I don't remember getting an error before, am I doing something wrong or is there another version I should use? Thanks .
Code:
cmccabe@HP-Z640-Workstation:~/Desktop/ngs_analysis/samtools-1.2$ make gcc -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -I. -Ihtslib-1.2.1 -c -o bam_index.o bam_index.c gcc -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -I. -Ihtslib-1.2.1 -c -o bam_plcmd.o bam_plcmd.c gcc -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -I. -Ihtslib-1.2.1 -c -o sam_view.o sam_view.c gcc -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -I. -Ihtslib-1.2.1 -c -o bam_cat.o bam_cat.c gcc -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -I. -Ihtslib-1.2.1 -c -o bam_md.o bam_md.c gcc -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -I. -Ihtslib-1.2.1 -c -o bam_reheader.o bam_reheader.c bam_reheader.c: In function ‘bam_reheader’: bam_reheader.c:36:19: warning: variable ‘old’ set but not used [-Wunused-but-set-variable] bam_header_t *old; ^ gcc -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -I. -Ihtslib-1.2.1 -c -o bam_sort.o bam_sort.c gcc -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -I. -Ihtslib-1.2.1 -c -o bedidx.o bedidx.c gcc -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -I. -Ihtslib-1.2.1 -c -o kprobaln.o kprobaln.c kprobaln.c: In function ‘kpa_glocal’: kprobaln.c:78:21: warning: variable ‘is_diff’ set but not used [-Wunused-but-set-variable] int bw, bw2, i, k, is_diff = 0, is_backward = 1, Pr; ^ gcc -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -I. -Ihtslib-1.2.1 -c -o bam_rmdup.o bam_rmdup.c gcc -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -I. -Ihtslib-1.2.1 -c -o bam_rmdupse.o bam_rmdupse.c gcc -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -I. -Ihtslib-1.2.1 -c -o bam_mate.o bam_mate.c gcc -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -I. -Ihtslib-1.2.1 -c -o bam_stat.o bam_stat.c gcc -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -I. -Ihtslib-1.2.1 -c -o bam_color.o bam_color.c echo '#define SAMTOOLS_VERSION "1.2"' > version.h gcc -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -I. -Ihtslib-1.2.1 -c -o bamtk.o bamtk.c gcc -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -I. -Ihtslib-1.2.1 -c -o bam2bcf.o bam2bcf.c gcc -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -I. -Ihtslib-1.2.1 -c -o bam2bcf_indel.o bam2bcf_indel.c gcc -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -I. -Ihtslib-1.2.1 -c -o errmod.o errmod.c gcc -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -I. -Ihtslib-1.2.1 -c -o sample.o sample.c gcc -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -I. -Ihtslib-1.2.1 -c -o cut_target.o cut_target.c gcc -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -I. -Ihtslib-1.2.1 -c -o phase.o phase.c gcc -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -I. -Ihtslib-1.2.1 -c -o bam2depth.o bam2depth.c gcc -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -I. -Ihtslib-1.2.1 -c -o padding.o padding.c gcc -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -I. -Ihtslib-1.2.1 -c -o bedcov.o bedcov.c gcc -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -I. -Ihtslib-1.2.1 -c -o bamshuf.o bamshuf.c gcc -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -I. -Ihtslib-1.2.1 -c -o faidx.o faidx.c gcc -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -I. -Ihtslib-1.2.1 -c -o stats.o stats.c gcc -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -I. -Ihtslib-1.2.1 -c -o stats_isize.o stats_isize.c gcc -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -I. -Ihtslib-1.2.1 -c -o bam_flags.o bam_flags.c gcc -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -I. -Ihtslib-1.2.1 -c -o bam_split.o bam_split.c gcc -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -I. -Ihtslib-1.2.1 -c -o bam_tview.o bam_tview.c gcc -g -Wall -O2 -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_CURSES_LIB=1 -I. -Ihtslib-1.2.1 -c -o bam_tview_curses.o bam_tview_curses.c bam_tview_curses.c:30:20: fatal error: curses.h: No such file or directory #include <curses.h> ^ compilation terminated. make: *** [bam_tview_curses.o] Error 1
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